Проведённая в 1968 г. модернизация всех автомобилей GM на среднеразмерной платформе A-body принесла Pontiac GTO много пользы. Во-первых, новое шасси было доступно в двух вариантах колёсной базы: 112" (2845 мм) для купе и кабриолетов и 116" (2946 мм) для седанов и универсалов. Как результат, GTO 1968 г. получился на 150 мм короче своего предшественника, хотя на вес это не повлияло. Во-вторых, кузов стал более мускулистым и в чём-то даже красивым, с низкой крышей полу-фастбэк, длинным капотом и коротким багажником. Кроме того, Pontiac GTO получил эксклюзивное оформление передней части с окрашенным в цвет кузова пластиковым бампером Endura, который выдерживал удар на скорости до 6 км/ч. В него была интегрирована чёрная решётка радиатора, разделённая на две части острым носом, и сдвоенные круглые фары, установленные горизонтально. За доплату можно было заказать скрытые фары, как у Pontiac Grand Prix. Задние фонари имели прямоугольную форму и были встроены в хромированный бампер. Стеклоочистители были спрятаны под металлической панелью у основания лобового стекла. В линейке GTO осталось только два кузова: хардтоп купе и кабриолет (обычное купе больше не предлагалось).

В техническом плане Pontiac GTO изменился не так радикально. Он по-прежнему имел отдельную периферийную раму с независимой передней подвеской на поперечных рычагах и пружинах и зависимой задней на пружинах. Двигатель V8 400 объёмом 6556 см3 был унаследован у модели 1967 г. Он развивал 350 л.с. в стандартной версии с 4-камерным карбюратором, 360 л.с. в модификации HO ("High Output") с повышенной степенью сжатия или 265 л.с. в экономичном варианте с 2-камерным карбюратором. Новой опцией был пакет Ram Air с двумя функциональными воздухозаборниками, коваными поршнями, перенастроенным распределительным валом и улучшенной выхлопной системой, но мощность в нём указывалась та же, что и в HO - 360 л.с. (с середины года в пакете Ram Air II она была увеличена до 366 л.с.). Любой из этих моторов соединялся с 3-х или 4-ступенчатой механической коробкой передач с рычагом Hurst или с 3-ступенчатой автоматической Turbo Hydramatic. В список дополнительной комплектации входили 4-поршневые передние дисковые тормоза, вынесенный на капот тахометр и радиальные шины BF Goodrich.

В 1968 г. было продано 87684 ед. Pontiac GTO. Журнал Motor Trend назвал эту модель Автомобилем года, но Car Life раскритиковал её за перегруженность передней оси, недостаточную поворачиваемость и жёсткую подвеску. Как бы там ни было, GTO 1968 г. признан одним из лучших muscle-каров своего времени.

Фирма Royal Pontiac из Ройал-Оук (Мичиган) известна в качестве полулегального производителя "американских суперкаров". Аналогичный статус по отношению к Chevrolet имели дилерские центры Nickey, Yenko и Baldwin-Motion. С конца 50-х гг. специалисты Royal Pontiac занимались настройкой автомобилей Pontiac Catalina Super Duty для участия в соревнованиях по дрэг-рейсингу (NHRA). Но в 1963 г. корпорация GM отказалась от поддержки заводских команд, и владелец салона Royal Pontiac Эйс Уилсон начал предлагать комплекты для повышения производительности серийных двигателей Pontiac. На пике популярности компания продавала до 1000 таких тюнинг-комплектов в год, в основном для моделей GTO и Grand Prix. Не остановившись на этом, Уилсон осмелился нарушить корпоративный запрет устанавливать моторы свыше 400 куб. дюймов на среднеразмерные машины. В 1968 г. в его дилерском центре появилась эксклюзивная модификация Pontiac GTO Royal Bobcat, оснащённая 7-литровым двигателем V8 428 мощностью от 390 л.с. в заводском варианте до 425 л.с. в пакете с пересмотренными головками и специальным впускным коллектором. В 1969 г. производительность стала ещё выше благодаря использованию функциональных воздухозаборников Ram Air V. Стоимость этого комплекта составляла $2300, поэтому количество построенных экземпляров не превышало 200. В 1970 г. запрет на моторы с большим блоком был отменён, и конверсии Royal Pontiac утратили актуальность.

В 1969 г. у Pontiac GTO почти ничего не изменилось: задние фонари были подняты выше, боковые форточки в окнах заменила система "Astro Ventilation", на панели приборов стало меньше шпона, замок зажигания переместился на рулевую колонку, и в стандартную комплектацию вошли подголовники на передних сиденьях. Мощность базового 6.6-литрового мотора V8 400 осталась прежней (350 л.с.), зато в версиях с функциональными воздухозаборниками этот мотор развивал 366 л.с. (Ram Air III) или 370 л.с. (Ram Air IV). В последнем пакете мощность была явно занижена, поскольку в него входили многоступенчатый алюминиевый впускной коллектор, увеличенные выхлопные коллекторы, "горячий" распределительный вал и 4-камерный карбюратор Rochester QuadraJet, а также 4-ступенчатая механическая коробка передач и самоблокирующийся дифференциал Safe-T-Track с отношением 3,90:1. Продажи Pontiac GTO составили 72287 ед., включая 6833 экземпляра "The Judge".

В середине 1969-го модельного года компания Pontiac представила модификацию GTO "The Judge". Её название произошло из шуточной фразы, использовавшейся в популярном телевизионном шоу Rowan & Martin's Laugh-In. В рекламе "The Judge" она звучала как "Перед судьёй все встают" и "Судью можно купить". Изначально "The Judge" задумывался как экономная версия GTO с упрощённым оборудованием, подобная Plymouth Road Runner, но в ходе разработки её стоимость увеличилась и составила дополнительные $332 к цене обычного купе или кабриолета Pontiac GTO. За эти деньги покупатель получал двигатель V8 400 Ram Air III мощностью 366 л.с. (с возможностью установки комплекта Ram Air IV мощностью 370 л.с. за $390), механическую коробку передач с Т-образным рычагом Hurst (или 3-ступенчатую автоматическую), усиленную подвеску, задний спойлер, колёса Rally II и широкопрофильные шины Polyglas G70x14". Ранние экземпляры "The Judge" красились в единственный цвет Carousel Red с тонкими сине-жёлтыми полосками сбоку. Сейчас эти машины ценятся выше всех остальных GTO.