Mercury Cougar 1967-1968 гг. целиком оправдывала имидж роскошной альтернативы Ford Mustang, но если речь шла о производительности, она была не самым лучшим выбором. Всё изменилось в 1969 г., когда у Cougar появились "горячие" модификации с самыми мощными двигателями компании Ford. На третий год производства модель прошла промежуточный рестайлинг, который включал новую, сплошную решётку радиатора с горизонтальными линиями и центральным выступом, вогнутые задние фонари на всю ширину кузова и ниспадающие складки на боковинах. Колёсная база осталась прежней (111"), но общая длина увеличилась почти на 100 мм. Кроме 2-дверного хардтопа, Mercury Cougar теперь выпускалась и в версии кабриолет. Оба кузова были доступны в двух уровнях отделки: базовой и улучшенной XR-7, а вместо пакета GT предлагался набор спортивных декораций под названием Sports Special.

На Mercury Cougar 1969 г. устанавливались три силовых агрегата: 5.8-литровый Windsor V8 351 мощностью 250 л.с. (2-камерный карбюратор) или 290 л.с. (4-камерный карбюратор), 6.4-литровый V8 390 мощностью 320 л.с. (4-камерный карбюратор) и 7-литровый V8 428 Cobra Jet мощностью 335 л.с. (4-камерный карбюратор). Вариантов трансмиссии тоже было три: 3-ступенчатая механическая, 4-ступенчатая механическая и 3-ступенчатая автоматическая с Т-образным рычагом Select-Shift. Продажи Mercury Cougar в 1969 г. составили 100069 ед., из них 27942 ед. приходилось на версию XR-7.

Для любителей экстремального вождения была предложена модификация Mercury Cougar Eliminator, доступная только с кузовом купе. Её назвали в честь дрэгстера, на котором гонщик Дон Николсон успешно выступал в NHRA. В пакет Eliminator входили: двигатель V8 351 (290 л.с.), усиленная подвеска, эксклюзивные диски, чёрная решётка радиатора, передний и задний спойлеры, узкие боковые полоски, воздухозаборник на капоте, расширенный набор датчиков (тахометр, раллийные часы и одометр) и передние сиденья с высокой спинкой. За доплату можно было заказать мотор V8 428 CJ (официально 335 л.с., фактически около 410 л.с.), капот из стекловолокна с индукционной системой Ram Air и комплект Drag Pack в виде увеличенного масляного радиатора и главной передачи с отношением 3,91:1 или 4,30:1. Кроме того, Mercury Cougar Eliminator окрашивалась в яркие цвета: оранжевый, жёлтый, синий металлик или белый. В середине года появилась ещё одна опция - 4.9-литровый двигатель V8 Boss 302, разработанный для омологации Ford Mustang в чемпионате Trans-Am. Его номинальная мощность составляла 290 л.с., но реальный показатель был не хуже, чем у V8 428 CJ. Ещё две машины, подготовленные для Дона Николсона и Эдди Шартмана, получили 7-литровый мотор Boss V8 429 мощностью 375 л.с. Всего в 1969 г. было построено 2250 ед. Mercury Cougar Eliminator.

На фото №5-10 – один из трёх кабриолетов в цвете Candy Apple Red с чёрной крышей, снимавшихся в фильме «On Her Majesty's Secret Service» (1969). На этом автомобиле, оснащённом двигателем V8 428-4V Cobra Jet Ram Air и автоматической коробкой передач, его владелица графиня Трейси Ди Винченцо (Дайана Ригг) и Джеймс Бонд (Джордж Лэзенби) участвовали в ледяной погоне в швейцарских Альпах. Данный экземпляр, сохранившийся лучше, чем другие, в 2020 г. был продан на аукционе Bonhams за £356500.

В 1970 г. Mercury Cougar выпускалась в кузове 1969 г., но с решёткой радиатора "электробритва" от модели 1967-1968 гг., разделённой на две части выступающим носом с отдельной вертикальной решёткой, похожей на царапины от кошачьих когтей. В стандартную комплектацию вошли сиденья с высокими спинками и замок зажигания на рулевой колонке, а в список опций - виниловая крыша. Базовым оставался 5.8-литровый двигатель Windsor V8 351 мощностью 250 л.с. (2-камерный карбюратор), а вместо V8 390 теперь устанавливался 5.8-литровый Cleveland V8 351 мощностью 300 л.с. (4-камерный карбюратор). Этот мотор использовался и на Cougar Eliminator, наряду с прошлогодними V8 Boss 302 и V8 428 CJ, а также с 7-литровым V8 Boss 429 мощностью 375 л.с. (очень редкая опция). Повышение страховых взносов привело к сокращению продаж Mercury Cougar до 72343 ед., включая 20542 ед. Cougar XR-7 и 2267 ед. Cougar Eliminator.