У Mercury всегда были проблемы с самоопределением. Под этой маркой выпускались преимущественно большие машины, которые напоминали или Ford, или Lincoln, но не обладали собственной индивидуальностью. Когда Америка впервые почувствовала вкус скорости и производительности, компания Ford предложила две модели со спортивным статусом: компактный "пони-кар" Ford Mustang и персональный люксовый автомобиль Ford Thunderbird. Mercury тоже хотела найти своё место на молодёжном рынке, и её руководители приняли оптимальное решение: выпустить роскошную версию Мустанга, которая могла бы приблизиться к Thunderbird по имиджу, стилю и цене. Так появилась Mercury Cougar, ориентированная на более состоятельного покупателя, чем среднестатистический владелец Ford Mustang. По аналогии с жеребцом младшего собрата она получила отдельный логотип в виде пумы, которая получилась подозрительно схожей с эмблемой Jaguar. В связи с этим британцы подали в суд, вынудив Mercury добавить к значку слово "Cougar".

Основным различием между Ford Mustang (проект Т-5) и Mercury Cougar (проект Т-7) стала длина колёсной базы - 108" (2700 мм) против 111" (2819 мм). Общая платформа определяла пропорции несущего кузова: длинный капот, короткий багажник и салон с посадочной формулой 2+2. Унифицированная ходовая часть включала независимую переднюю подвеску на двойных поперечных рычагах и пружинах и ведущий задний мост на полуэллиптических рессорах, а также передний подрамник для размещения массивных двигателей. Все внешние кузовные панели у Cougar были уникальными. Спереди автомобиль имел решётку радиатора в форме электробритвы с открывающимися сдвоенными фарами, разделённую на две части центральным выступом в цвет кузова и встроенной в него эмблемой Mercury. Сзади этот дизайн повторяли горизонтальные ребристые фонари с последовательным включением сигналов поворота, как у Ford Thunderbird. Прямые углы крыльев и чистые линии боковин придавали Mercury Cougar "европейский" вид. Единственным доступным кузовом было хардтоп купе с "формальной" крышей, которая по желанию покрывалась винилом и оборудовалась люком.

Mercury Cougar поступила в продажу 30 сентября 1966 г. вместе с обновлённым Мустангом. В базовой комплектации она оснащалась 4.7-литровым двигателем V8 289 мощностью 200 л.с., 3-ступенчатой механической коробкой передач с напольным рычагом и ковшеобразными передними сиденьями с центральной консолью. За доплату предлагались 225-сильная версия мотора V8 289 и 6.4-литровый силовой агрегат V8 390 мощностью 320 л.с. (с 4-камерным карбюратором и двойным выхлопом), а также 4-ступенчатая механическая коробка передач и 3-ступенчатая автоматическая трансмиссия Merc-o-Matic с функцией ручного переключения Select-Shift. В спортивный пакет GT входили двигатель V8 390, усиленная подвеска с передним стабилизатором поперечной устойчивости, передние дисковые тормоза, более отзывчивое рулевое управление и широкие шины с белыми полосками. В середине года появилась "люксовая" модификация XR-7, которая отличалась панелью приборов из деревянного шпона с полным набором датчиков, высокой консолью от Ford Thunderbird с T-образным селектором АКПП и кожано-виниловой обивкой сидений.

Mercury Cougar стоила на $350 дороже, чем Ford Mustang, при этом была тяжелее и медленнее, и не имела вариантов фастбэк или кабриолет. Тем не менее, журнал Motor Trend признал её Автомобилем года-1967, и вскоре Cougar стала самой популярной моделью подразделения Lincoln-Mercury. За первые 12 месяцев было продано 150893 ед., включая 27221 ед. Cougar XR-7 и 7412 ед. Cougar GT. "Пума" рекламировалась как "автомобиль для мужчин", но среди её владельцев было немало женщин. В течение сезона 1967 г. Mercury Cougar соревновалась с другими "пони-карами" в гонках серии SCCA Trans-Am. Управляемая такими гонщиками, как Дэн Герни, Парнелли Джонс и Эй-Джей Фойт, она показала в целом неплохой результат, оказавшись по итогам чемпионата на втором месте после Mustang. В последующие годы Mercury Cougar не участвовала в кольцевых гонках, однако наибольший успех ей принесли Дон Николсон и Эдди Шартман, выступая за рулём стекловолоконных дрэгстеров в скоростных заездах NHRA. 

На второй год выпуска Mercury Cougar ещё не нуждалась в стилистических изменениях, поэтому единственным отличием модели 1968 г. стали боковые габаритные огни, установленные в соответствии с федеральным законодательством вместе с 3-точечными ремнями безопасности. В список опций вошли люк в крыше с электроприводом и рулевое колесо "Tilt-Away", откидывающееся при посадке. Базовый двигатель V8 289 был заменён 4.9-литровым Windsor V8 302 мощностью 210 или 230 л.с. в зависимости от карбюратора. За ним следовал 6.4-литровый V8 390 мощностью 280 или 325 л.с. Самым "горячим" предложением был 7-литровый мотор V8 427 мощностью 390 л.с., доступный в пакете GT-E как для стандартной версии, так и для Cougar XR-7. В комплект GT-E также входили передние дисковые тормоза, сверхпрочная подвеска, автоматическая коробка передач Merc-o-Matic, специальные диски, две горизонтальных полоски на решётке радиатора, воздухозаборники в капоте и серебристая окраска порогов. Со всем этим оборудованием цена машины возрастала до $4000, но к концу года появилась возможность заказать более дешёвый мотор V8 428 Cobra Jet мощностью 335 л.с. Также существовала ограниченная серия Cougar XR-7G, названная в честь гонщика Дэна Герни. Всего в 1968 г. с конвейера сошло 113726 ед. Mercury Cougar, в том числе 619 ед. Cougar XR-7G и 394 ед. Cougar GT-E (357 ед. с двигателем V8 427 и 37 ед. с двигателем V8 428).