Компания Ford первой из "Большой тройки" начала выпускать автомобили среднего размера, чтобы сократить разрыв между традиционными полноразмерными моделями и новыми "компактами". Это были Ford Fairlane и Mercury Meteor, представленные в 1962 г. Дешёвый Fairlane оказался успешным, а его "роскошный" двойник - нет: за первые два года продажи составили 640000 ед. и 120000 ед. соответственно. Тогда подразделение Lincoln-Mercury отказалось от промежуточной модели, вплотную приблизив к сегменту mid-size компактную Mercury Comet. В 1964 г. Mercury Comet вместе с Ford Falcon получила новый кузов, который прозвали "квадратным" в сравнении с "круглым" кузовом первого поколения (1960-1963). Его особенностью были расширяющиеся выштамповки на боковинах в форме стрелы или ракеты и крыша хардтоп с наклонными стойками, как у фастбэков Marauder. Чтобы Comet выглядела дороже, дизайнеры сделали её спереди похожей на Lincoln Continental (сдвоенные фары, выпуклая решётка радиатора, прямоугольные крылья), а сзади - на полноразмерные Mercury (тройные круглые фонари, небольшие плавники).

Mercury Comet 1964 г. была основана на общей платформе с Ford Falcon, но имела удлинённую до 114" (2896 мм) колёсную базу, за исключением универсалов, разделявших с Falcon 109.5-дюймовую базу. Линейка была расширена до четырёх серий: Comet 202, Comet 404, Comet Caliente и Comet Cyclone. Первые две состояли из 2-х и 4-дверного седанов и 5-дверного универсала, серия Caliente включала хардтоп купе, 4-дверный седан и кабриолет, а Cyclone предлагалась только в виде 2-дверного хардтопа. Отдельное место отводилось универсалу Comet Villager с имитацией деревянной отделки. На выбор предлагались четыре силовых агрегата: 2.8-литровый рядный 6-цилиндровый 170 мощностью 101 л.с., 3.3-литровый рядный 6-цилиндровый 200 мощностью 116 л.с., 4.3-литровый V8 260 мощностью 164 л.с. и 4.7-литровый V8 289 мощностью 210 л.с. Последний был стандартным в модификации Cyclone, которая пришла на смену Comet S-22. Она также оснащалась 4-ступенчатой механической (Borg Warner T-10) или 3-ступенчатой автоматической (Multi-Drive) коробкой передач, разделёнными центральной консолью ковшеобразными передними сиденьями, трёхспицевым рулём и тахометром. Внешне Comet Cyclone можно было идентифицировать по отсутствию декора на боковинах и по хромированным дискам, имитировавшим колёса без колпаков.

Модели Comet Cyclone суждено было стать первым muscle-каром от Mercury. С середины 1964-го модельного года на неё по специальному заказу устанавливался модифицированный 4.7-литровый двигатель V8 289 Hi-Po с 4-камерным карбюратором, мощностью 271 л.с. Этот мотор доказал свою надёжность на треке Daytona International Speedway: осенью 1963 г. пять хардтопов Comet Caliente, оснащённых таким агрегатом, за 42 дня непрерывного заезда преодолели 100000 миль со средней скоростью 169 км/ч, и только один из них сошёл с трассы из-за сломанной пружины клапана. В марте следующего года пять аналогично оборудованных машин, окрашенных синей, белой и оранжевой краской, приняли участие в изнурительном Восточноафриканском ралли. До финиша доехали два экипажа: один 18-м, второй 21-м (последним). В сентябре 1964 г. череду достижений продолжили три хардтопа Comet Caliente 1965-го модельного года, без поломок проехавшие всю Америку с крайнего юга на крайний север, из Ушуайи (Аргентина) до Фэрнберна (Аляска) - в общей сложности 16247 миль.

В 1964 г. продажи Mercury Comet выросли на 40% и составили 189936 ед., из них 7454 ед. приходилось на модификацию Cyclone. 

Шоу-кар, построенный на заводе Dearborn Steel Tubing в рамках фордовской программы "Caravan of Stars". Основанный на серийном хардтопе Mercury Cyclone 1964 г., он отличался прямоугольными фарами в европейском стиле и крышей фастбэк с панорамным задним стеклом, как у Plymouth Barracuda. Дебютировал на Чикагском автосалоне 1964 г.

Самой экстремальной Mercury Comet была гоночная версия Cyclone, санкционированная для участия в заездах по дрэг-рейсингу NHRA. В 1964 г. Ford заказал фирме Bill Stroppe Engineering построить 50 экземпляров Comet Cyclone с 7-литровым двигателем V8 427, позаимствованным у Ford Fairlane Thunderbolt. С двумя 4-камерными карбюраторами этот мотор развивал свыше 600 л.с., хотя в официальных характеристиках указывалась более скромная цифра - 425 л.с. Предельно облегчённый, автомобиль имел выпуклый капот из стекловолокна, пластиковые стёкла и бамперы, вентиляционные отверстия вместо внутренней пары фар и два лёгких ковшеобразных сиденья. Чтобы избежать внутренней конкуренции, Fairlane Thunderbolt выступал в классе Super Stock, а Mercury Comet - в классе A/FX. Чемпионом стал Ронни Сокс, преодолевший четверть мили за 11,4 с. и разогнавший свою Mercury Comet до 198 км/ч. Не менее впечатляющие результаты показали Дон Николсон, Билл Шрусберри, Джек Хрисман и другие легенды дрэг-рейсинга.

В 1965 г. Mercury Comet вернулась в NHRA для покорения следующей вершины - одержать победу в классе B/FX. Для этого было изготовлено 15 единиц Comet Cyclone с 4.7-литровым двигателем V8 289, настроенным на 400 л.с. с помощью четырёх карбюраторов Weber и специальной выхлопной системы. Все они имели усиленную заднюю ось, облегчённый салон и часть кузовных панелей из стеклопластика, включая капот с двумя передними воздухозаборниками.

Если в 1964 г. Mercury Comet напоминала роскошный Lincoln Continental, то в 1965 г. она выглядела как уменьшённая копия полноразмерных автомобилей Ford. Это сходство прослеживалось в широкой горизонтальной решётке радиатора и "двухэтажных" фарах под козырьками, но оформленные в виде стрелы боковины по-прежнему выдавали родственные связи с Ford Falcon. Ассортимент стилей кузова и уровней отделки не изменился. Базовым стал 3.3-литровый рядный 6-цилиндровый мотор 200 мощностью 120 л.с. в паре с 3-ступенчатой механической коробкой передач, за доплату предлагались 4.7-литровый V8 289 мощностью 200 л.с. и 3-ступенчатая автоматическая трансмиссия Multi-Drive (C4). На Comet Cyclone устанавливались высокопроизводительные версии V8 289 с 4-камерным карбюратором, мощностью 225 или 271 л.с. В список опций входили усилители руля и тормозов, дифференциал повышенного трения, усиленная подвеска, набор дополнительных датчиков "Rally-Pac", чёрная или белая виниловая крыша, кондиционер и AM/FM-радио. Общие продажи Comet снизились до 165052 ед., при этом 2-дверных хардтопов Mercury Comet Cyclone было построено 12347 ед., что свидетельствовало о росте популярности спортивных машин.

Ещё один концепт из серии "Caravan of Stars" - изумрудно-зелёный родстер с воздухозаборником на капоте, низким лобовым стеклом, дугой безопасности за сиденьями и штурвалом вместо руля. Был изготовлен известным американским кастомайзером Джином Уинфилдом.