Накануне войны Ford Motor Company, как и большинство американских производителей, подготовила новую линейку моделей с более современным дизайном. В 1941 г. модельный ряд был разделён на три серии: базовую Special (заменившую Standard), среднюю Deluxe и топовую Super Deluxe. Первая предлагалась только с кузовами Coupe, Tudor Sedan и Fordor Sedan, во второй к ним добавлялся деревянный Station Wagon, а в исполнении Super Deluxe можно было также приобрести Convertible Coupe и Convertible Sedan. Ford Super Deluxe имел улучшенную отделку интерьера и больше хромированных деталей на кузове, в то время как на Deluxe была хромирована только центральная часть решётки радиатора, а на Special в комплектацию входили один гудок, один стеклоочиститель, один козырёк, одна задняя фара и один цвет - серый. Цены в этом году составляли от $684 за двухместное купе Special до $859 за 4-дверный седан Super Deluxe; стоимость универсала Super Deluxe превысила $1000.

Колёсная база Ford была увеличена до 114" (2896 мм), но в остальном устаревшее шасси осталось без изменений: лонжеронная рама с Х-образной поперечиной, зависимая передняя и задняя подвеска на поперечных листовых рессорах и гидравлические барабанные тормоза. Основным двигателем оставался нижнеклапанный Flathead V8 221 объёмом 3622 см3 и мощностью 90 л.с. Запускался он с помощью кнопки на приборной панели, но на случай разрядки аккумулятора предусматривалось отверстие для ручного стартера. Новинкой стал рядный 6-цилиндровый 3.7-литровый мотор L-head 226 мощностью 90 л.с., заменивший 2.2-литровый V8 136. Генри Форд всегда выступал против рядных силовых агрегатов, но для конкуренции с Chevrolet они были необходимы. Двигатель 226 устанавливался как стандартный только на модификации Special, а на остальных предлагался как опция со скидкой.

Разработкой кузова Ford 1941 г. занимались Боб Грегори и Эдсель Форд, благодаря которым компания сохраняла лидерство в области стиля. Автомобиль стал больше по габаритам и просторнее внутри. Задние крылья выступали уже не так сильно и за доплату закрывались щитками, передние обрели плоскую форму и были разделены на две половины хромированной полоской, а подножки почти исчезли. Круглые фары поднялись выше, и над ними крепились маленькие габаритные огни. Решётка радиатора с вертикальной текстурой состояла из прямоугольной центральной части и овальных боковых. В салоне неплохо выглядела окрашенная под дерево панель приборов с линейным спидометром. Были усовершенствованы отопитель, радио и стеклоочистители; кабриолеты получили мягкую крышу с электроприводом. Продажи Ford в 1941 г. увеличились до 600814 ед., но этого было недостаточно, чтобы превзойти Chevrolet. 

В 1942-м модельном году компания Ford продала всего 160211 автомобилей, до того, как 10 февраля 1942 г. её заводы прекратили выпуск гражданской продукции. Модельный ряд состоял из тех же серий Special, Deluxe и Super Deluxe, но цены увеличились в среднем на $100. Из-за нехватки никеля, меди и алюминия многие детали пришлось отливать из чугуна, цинка и нержавеющей стали. Из хрома разрешалось делать только бамперы и решётку радиатора, а с 1-го января даже эти элементы нужно было красить или покрывать пластиком. Среди внешних изменений в этом году следует отметить горизонтальную выпуклую решётку радиатора в форме электробритвы, разделённую на две части вертикальной планкой. Передние габаритные огни и задние овальные фонари устанавливались горизонтально. Передние крылья стали цельными, а на задних появилась резиновая защита от камней. В интерьере линейный спидометр и часы были снова заменены круглыми циферблатами. Автомобили были оснащены более мягкой подвеской, немного снизившей дорожный просвет. 4-дверные седаны Special, предназначенные для военного штаба, продолжали поставляться в 1943, 1944 и 1945 гг. 

В первые послевоенные годы Ford Motor Company находилась в состоянии кризиса. Несмотря на огромные прибыли, полученные от военных контрактов на производство самолётов, танков, джипов и другой техники, компания не могла должным образом вернуться к мирной жизни из-за разногласий внутри руководства, возникших после смерти Эдселя Форда в 1943 г. Ситуация стабилизировалась только в 1947 г., когда умер Генри Форд-старший, и должность президента занял его внук, Генри Форд II. Продукция Ford поступила в продажу ещё в июле 1945 г., намного раньше, чем у других производителей. Она пользовалась беспрецедентным спросом, даже с учётом значительного повышения цен: 6-цилиндровый Ford Deluxe Coupe стоил $1074, а Ford V8 Super Deluxe Station Wagon - $1617. Однако фирма не имела возможности удовлетворить этот спрос и теряла более $10 млн. в месяц. По итогам 1946 г. Ford продал 467413 машин и занял первое место в списке американских марок.

Все модели Ford 1946-1948 гг. представляли собой немного пересмотренный Ford 1942 г. Внешне изменилась только решётка радиатора: теперь она состояла из трёх горизонтальных хромированных планок с красными полосками (но только в 1946 г.). В 1947-1948 гг. красные акценты на решётке радиатора и приборной панели исчезли, а расположенные над решёткой габаритные огни переместились под фары. Шасси автомобиля оставалось весьма архаичным, особенно подвеска на поперечных рессорах. 3.6-литровый двигатель Flathead V8 221 был заменён более мощным 3.9-литровым Mercury V8 239, который выдавал 100 л.с. В качестве альтернативы предлагался нижнеклапанный рядный 6-цилиндровый мотор 226 мощностью 95 л.с. Оба они соединялись с 3-ступенчатой механической коробкой передач.

После войны в модельном ряду Ford остались только серии Deluxe и Super Deluxe. Последняя была доступна с кузовами Coupe, Tudor Sedan, Fordor Sedan, Station Wagon, Convertible Coupe и Sportsman Convertible. В условиях дефицита стали были очень популярными деревянные универсалы, но у Форда также появился кабриолет Sportsman с деревянными боковыми панелями и багажником. Он был оснащён электрическим приводом мягкой крыши и гидравлическими стеклоподъёмниками. Стоил такой кабриолет $2041, поэтому продавался плохо: 723 экземпляра в 1946 г., 2274 - в 1947 г. и 28 - в 1948 г. Общие продажи Ford составили 485067 ед. в 1947 г. и 247724 ед. в 1948 г.