Ранние автомобили Mercury 1939-1940 гг. не разделяли с Ford ни одной панели кузова, но в 1941 г. ради снижения стоимости производства было принято решение унифицировать конструкцию Mercury Eight и новой модели Ford Super Deluxe. Эдсель Форд и Боб Грегори постарались сделать так, чтобы покупатели этого не заметили. Mercury получила более длинный заострённый нос, разделявший на две половины горизонтальную решётку радиатора. Кузов стал объёмнее благодаря плоским передним крыльям, расширению дверей у подножек и увеличенной площади остекления. В линейку вошли 2-дверный Tudor Sedan, 4-дверный Town Sedan, 2-дверный Club Convertible, три вида купе (3-местное Business Coupe, 5-местное Club Coupe и 6-местное Sedan Coupe) и 5-дверный универсал Station Wagon. Последний изготавливался из дерева на отдельном заводе Iron Mountain (Мичиган) вместе со своим двойником Ford Super Deluxe Station Wagon. 4-дверный кабриолет больше не предлагался, зато 2-дверный был оборудован электроприводом крыши.

Технически Ford и Mercury 1941 г. различались только длиной колёсной базы (114" против 118"), объёмом двигателя Flathead V8 (3622 см3 против 3923 см3) и его мощностью (90 л.с. против 95 л.с.). Ходовая часть обеих машин была доработана, но подвеска оставалась архаичной, на поперечных полуэллиптических рессорах спереди и сзади. В салоне Mercury имела улучшенную отделку и более детально проработанную панель приборов с горизонтальным спидометром. Цены колебались в диапазоне от $910 до $1141. За год компания выпустила 98412 автомобилей Mercury по всему миру, из них 90556 ед. были построены в США. 

В 1941 г. Питер Стенгель, наследник банковского дела и на тот момент сотрудник Vultee Aircraft Corporation, заказал себе в ателье Coachcraft Ltd из Западного Голливуда эксклюзивный автомобиль на базе Mercury. Ему понравился дизайн кастомного купе Ford 1940 г., спроектированного инженером Douglas Aircraft Карлтоном Петерсеном и построенного Coachcraft для Кларенса Соломона. Поэтому Руди Штоссель из Coachcraft проделал с кузовом Mercury 1940 г. аналогичные преобразования: понизил капот, продлил ниспадающую линию передних крыльев на двери, установил на задние крылья срезанные юбки и резко наклонил V-образное лобовое стекло. Но вместо цельного съёмного жёсткого верха, как у Ford Соломона, автомобиль получил трёхпозиционную Т-образную крышу с двумя боковыми панелями, которые складывались в багажник. То есть у Mercury Stengel Custom было три кузова в одном: четырёхместное купе, брогем купе с крышей типа Victoria над задними сиденьями и кабриолет.

Хотя Stengel Custom и был зарегистрирован как Mercury 1941 г., его кузов установили на шасси пикапа Ford 1940 г., а задние крылья позаимствовали у купе Ford 1940 г. Двигатель Ford Flathead V8 был оснащён головками Meyer с повышенной степенью сжатия, выпускным коллектором Meyer и двумя карбюраторами Stromberg 97. Ходовая часть осталась без изменений, за исключением хромированных колпаков в виде тарелок и широких шин Vogue Whitewall. Изначально автомобиль был тёмно-синего цвета с крышей, обшитой белой тканью Burbank. Салон с заводской панелью приборов и рулём Mercury 1941 г. был оформлен в стиле вестерн: отделка мягкой плиссированной кожей коричневого цвета в сочетании с бело-коричневой шерстью пони. Кастом-кар обошёлся заказчику в $6000, но вскоре началась война, Стенгель пошёл в армию и продал Mercury своему другу Джорджу Хантингтону Хартфорду II, наследнику сети супермаркетов A&P. Впоследствии машину целиком перекрасили в красный, а затем в серебристый цвет в сочетании с синим кожаным салоном. Отреставрированный Stengel Custom выставлялся в автомобильном музее Петерсена и на конкурсе элегантности Amelia Island. В 2018 г. он был продан на аукционе RM Sotheby’s за $252000.

1942-й модельный год длился с 3 октября 1941 г. по 10 февраля 1942 г., и за это время в США было продано 22772 автомобиля Mercury (24704 ед. во всём мире). Предвидя вступление Америки во Вторую мировую войну, компания Ford запустила весьма актуальную рекламу, изображая новые аэродинамические Mercury на фоне военных самолётов. В дизайне произошли следующие изменения: горизонтальная решётка радиатора стала "двухэтажной", почти как у Lincoln Continental, над ней появились прямоугольные габаритные огни, а боковые хромированные полоски на крыльях были продублированы. Мощность 3.9-литрового двигателя V8 выросла до 100 л.с. На панели приборов по обе стороны от центрального динамика радио симметрично расположились круглые циферблаты спидометра и часов. В список опций вошла полуавтоматическая коробка передач Liquamatic от Warner Gear, но она была настолько ненадёжной, что фирма бесплатно заменяла её стандартной 3-ступенчатой механической.

В 1945 г. компания Ford объединила марки Lincoln и Mercury в люксовое подразделение Lincoln-Mercury. Это отнюдь не означало, что послевоенные автомобили Mercury перестанут быть всего лишь улучшенными версиями "Фордов". 1 ноября 1945 г. Mercury Eight вернулась на конвейер в кузове 1942 г., над переоформлением которого поработали дизайнеры во главе с Бобом Грегори. Фактически единственным отличием Mercury 1946 г. от довоенной модели стала новая решётка радиатора. Она состояла из восьми секций тонких вертикальных стержней, заключённых в рамку в цвет кузова, и двух горизонтальных решёток из нержавеющей стали над передним бампером. В последующие два года проводить рестайлинг не было никакого смысла: после длительного затишья 1942-1945 гг. машины и так продавались "на ура". Модели 1947-1948 гг. можно идентифицировать по хромированному обрамлению решётки радиатора, надписям "Mercury" по бокам капота и хромированной полоске на крышке багажника.

В 1946 г. из каталога Mercury исключили 3-местное Business Coupe, зато к 5-дверному универсалу присоединился ещё один наполовину деревянный кузов - Sportsman Convertible. Как и одноимённая версия Ford Super Deluxe, он имел двери, крышку багажника и задние четверть-панели, выполненные из красного дерева, с лакированным каркасом из клёна или жёлтой берёзы. В стандартную комплектацию входили кожаный салон, электрические стеклоподъёмники и электропривод крыши, но даже это не оправдывало запрошенной цены - $2209. Выпустив всего 205 таких кабриолетов, в 1947 г. компания сняла этот кузов с производства вместе с 2-дверным седаном. Для сравнения, под маркой Ford в 1946-1948 гг. было продано 3025 ед. Sportsman Convertible, поэтому Mercury обладает большей коллекционной ценностью.

Послевоенная инфляция увеличила цены на Mercury Eight до $1448-$1729, что в среднем на $188 превышало стоимость Ford Super Deluxe. При этом обе модели оснащались 3.9-литровым нижнеклапанным двигателем Flathead V8 мощностью 100 л.с., 3-ступенчатой механической коробкой передач, зависимой передней и задней подвеской на поперечных рессорах и гидравлическими барабанными тормозами на всех колёсах. У Mercury было только два преимущества: удлинённая на 4" колёсная база и улучшенная внутренняя отделка. Продажи Mercury Eight составили 86608 ед. в 1946 г., 86363 ед. в 1947 г. и 50268 ед. в 1948 г.