Porsche Boxster 2004-2012 гг., обозначенный внутренним индексом 987, был не более, чем обновлённой версией своего предшественника, Boxster 986. Хотя эти модели и разделяли только 20% запчастей, форма кузова у них была почти одинаковой. В рамках рестайлинга родстер получил новые фары в стиле Carrera GT, габаритные огни над передними воздухозаборниками, удлинённые вентиляционные решётки в задних крыльях и увеличенное по площади лобовое стекло. В салоне изменились дизайн панели приборов и форма охлаждающих решёток. Автомобиль сохранил такие особенности конструкции, как среднемоторная компоновка и подвеска всех колёс на стойках Макферсона. Стандартный Boxster был оснащён 2.7-литровым оппозитным 6-цилиндровым двигателем мощностью 240 л.с., 5-ступенчатой механической коробкой передач и 17-дюймовыми колёсами, а Boxster S - 3.2-литровым мотором мощностью 280 л.с., 6-ступенчатой механической коробкой передач и 18-дюймовыми колёсами. Оба предлагались с 5-ступенчатой автоматической трансмиссией Tiptronic S.

В 2006 г. у Porsche Boxster появилась закрытая версия - Porsche Cayman (987). Через год на базовый Boxster был установлен модернизированный 2.7-литровый двигатель с системой VarioCam Plus, мощностью 245 л.с., а на Boxster S - 3.4-литровый мотор мощностью 295 л.с. В 2009 г. последовал фейслифтинг, затронувший в основном воздухозаборники и светотехнику. Обе модификации получили новые оппозитные 6-цилиндровые двигатели с прямым впрыском топлива (DFI): 2.9-литровый мощностью 255 л.с. для Boxster и 3.4-литровый мощностью 310 л.с. для Boxster S. В список опций вошли 7-ступенчатая автоматическая коробка передач PDK с двумя сцеплениями, активная подвеска PASM и коммуникационная система PCM с сенсорным экраном.

В 2008 г. компания Porsche выпустила ограниченную серию родстеров Boxster RS60 Spyder, посвящённую победе гоночного автомобиля Porsche RS60 Spyder в 12-ти часах Себринга в 1960 г. Через два года идея получила продолжение в модификации Porsche Boxster Spyder, представленной на автосалоне в Лос-Анджелесе. Это была облегчённая версия модели с двумя обтекаемыми буграми за спинками сидений, закрепляемым вручную мягким тентом и чёрными полосами с надписью "Porsche" на порогах. Она имела форсированный 3.4-литровый двигатель мощностью 320 л.с., более жёсткую подвеску, алюминиевые двери и багажник, 19-дюймовые лёгкие диски и спортивные сиденья из углепластика. Вес также был сокращён за счёт отсутствия механизма складывания крыши, передних светодиодных огней, кондиционера, коммуникационной системы PCM и подстаканников.