Появление в 2002 г. первой за 70-летнюю историю компании люксовой модели Volkswagen Phaeton свидетельствовало о попытке поставить Volkswagen в один ряд с такими премиальными брендами, как Mercedes-Benz и BMW. Впервые представленный в 1999 г. на Франкфуртском автосалоне как Volkswagen Concept D, Phaeton был основан на платформе Volkswagen Group D1, которую он разделял с Audi A8 и Bentley Continental Flying Spur. На выбор были предложены три бензиновых силовых агрегата: 3.2 VR6 (241 л.с.), 4.2 V8 (335 л.с.) и 6.0 W12 (420 л.с.), а также турбодизель 5.0 V10 TDI (313 л.с.). Самым примечательным среди них был 6-литровый 48-клапанный W12, состоявший из двух блоков VR6, соединённых общим коленчатым валом под углом 72°. Этот мотор устанавливался только на топовую длиннобазную модификацию, в комплекте с 5-ступенчатой автоматической коробкой передач Tiptronic и системой полного привода 4Motion с межосевым дифференциалом Torsen. Автомобиль также был оснащён адаптивной пневматической подвеской с непрерывным управлением демпфированием (CDC), 4-зонным климат-контролем, радиолокационным адаптивным круиз-контролем с автоматическим регулятором дистанции (ADR), трэкшн-контролем, системами ABS, Electronic Brakeforce Distribution (EBD), Anti-Slip Regulation (ASR), Engine Braking Control (EBC) и Brake Assist (BA) и 7-дюймовым дисплеем на консоли с навигационной системой, телевизором, бортовым компьютером и телефоном.

Volkswagen Phaeton собирался вручную на специальном экологичном заводе Transparent Factory в Дрездене, где работали 800 человек. Запланированный объём производства 35000 машин в год достичь так и не удалось: за 15 лет было продано в общей сложности 84253 ед. Наибольшей популярностью Phaeton пользовался в Китае и Южной Корее, а на американском рынке модель перестала продаваться в 2005 г. в связи с низким спросом. В 2007 и 2010 гг. Volkswagen Phaeton подвергался рестайлингу и незначительной внутренней модернизации. В частности, мощность двигателя 6.0 W12 увеличилась до 450 л.с., а в комплектацию вошли карбон-керамические дисковые тормоза, камера заднего вида, система устранения слепых зон, система распознавания дорожных знаков и светодиодные фары с автоматической регулировкой света - Dynamic Light Assist. В 2016 г. на смену седану Phaeton пришёл новый флагман Volkswagen Phideon, ориентированный на китайский рынок.