Ford Mustang 1968 г. рекламировался как "самый захватывающий автомобиль на американских дорогах". Внешне он почти не изменился, за исключением утопленной решётки радиатора с упрощённым оформлением и вертикальными хромированными отверстиями вместо боковых воздухозаборников. Модель была приведена в соответствие с федеральными стандартами безопасности и оборудована боковыми габаритными огнями, антибликовыми зеркалами заднего вида, поглощающим энергию двухспицевым рулевым колесом и трёхточечными ремнями безопасности. Инженеры усовершенствовали конструкцию подвески и опциональных передних дисковых тормозов. В связи с введением норм выбросов мощность базового 6-цилиндрового мотора была снижена до 115 л.с., 4.7-литрового V8 289 - до 195 л.с. В то же время двигатели большего объёма получили дополнительные лошадиные силы: 6.4-литровый V8 390 выдавал 325 л.с., а мощность 7-литрового V8 427 достигала 390 л.с. (этот силовой агрегат устанавливался на серийный Mustang только в 1968 г. и стоил целых $755). Новым оружием Ford для гонок Trans-Am стал 4.9-литровый мотор Windsor V8 302 мощностью 230 л.с., а для дрэг-рейсинга NHRA и уличных соревнований в середине года был введён двигатель V8 428 Cobra Jet (R-code) объёмом 6997 см3 и мощностью 335 л.с.

Продажи Ford Mustang в 1968 г. снизились до 317404 ед.; причиной тому была конкуренция со стороны таких автомобилей, как Chevrolet Camaro, AMC AMX, Dodge Charger, Pontiac GTO и даже Mercury Cougar. Популярности фастбэка во многом способствовал фильм "Bullit" (1968), в котором Стив Маккуин на зелёном Ford Mustang Fastback преследовал киллеров на черном Dodge Charger по улицам Сан-Франциско. В качестве маркетингового хода были выпущены ограниченные серии California Special (для Калифорнии) и High Country Special (для Колорадо), которые внешне оформлялись так же, как Shelby GT500. В пакет GT по-прежнему входили противотуманные фары на решётке радиатора, две выхлопных трубы, значок на крышке бензобака, усиленная подвеска, полосы на капоте и сбоку, специальные 14-дюймовые диски и опциональные радиальные шины Michelin.

Идея запуска в серию модификации Ford Mustang 428 Cobra Jet принадлежит Бобу Таске, американскому дилеру Ford №1. Он увидел, что обычный Mustang с двигателем V8 390 будет недостаточно мощным для дрэг-рейсинга, и поручил механику Джону Хили установить под капот 7-литровый блок V8 428. На первом экземпляре мотор был оснащён головками цилиндров от гоночного V8 427 и 4-камерным карбюратором Holley 735-CFM. Для участия в NHRA требовалось продать не менее 50 автомобилей, поэтому Таска заказал Форду серию таких фастбэков с двигателями V8 428 (в настройке со степенью сжатия 11.6 или 11.0), воздухозаборником Ram Air, 4-ступенчатой механической коробкой передач и самоблокирующимся дифференциалом. На соревнованиях Ford Mustang 428 CJ показал ошеломляющие результаты: четверть мили за 12.5 с. со скоростью до 169 км/ч.