Чтобы оправдать идею назвать автомобиль в честь самого Энцо Феррари, компания Ferrari должна была построить нечто действительно впечатляющее. Её генеральный директор Лука Кордеро ди Монтеземоло видел Ferrari Enzo не иначе, как в одном ряду с двумя экстремальными суперкарами предыдущего столетия: Ferrari F40 и Ferrari F50. Конструкторам была поставлена задача поднять планку ещё выше, используя весь технологический арсенал Формулы-1. При этом область применения соответствующих инноваций не ограничивалась внутренней структурой, а ещё и напрямую определяла дизайн. Никогда раньше форма машины не была так зависима от функции. Каждая деталь её кузова тщательно исследовалась в аэродинамической трубе, чтобы ни один выступ не помешал Ferrari Enzo достичь заявленной максимальной скорости - 350 км/ч. А инженеры стремились максимально передать владельцам Enzo ощущения от управления болидом F1, поэтому обратились за консультацией к гонщику Михаэлю Шумахеру.

Монокок Ferrari Enzo был сделан из углеродного волокна и алюминия по принципу сэндвич-панелей. Кабина была сдвинута как можно ближе к передним колёсам, а установленный продольно на отдельном трубчатом подрамнике двигатель находился полностью в пределах колёсной базы, длина которой составляла 2650 мм. Вес машины распределялся между передней и задней осью в пропорции 44:56. Мотор V12 объёмом 5999 см3 был совершенно новым, производным от Maserati V8, с углом развала 65°, четырьмя клапанами на цилиндр, двумя верхними распределительными валами (DOHC) на каждый блок, изменяемыми фазами газораспределения и электронным впрыском топлива Bosch Motronic. Мощность составляла 660 л.с. и была рекордной для атмосферных силовых агрегатов серийного производства. Сзади с двигателем соединялась 6-ступенчатая электрогидравлическая коробка передач F1, передававшая крутящий момент на задние колёса через самоблокирующийся дифференциал. Она переключала передачи за 150 миллисекунд и управлялась при помощи подрулевых лепестков, как в болиде Формулы-1. Автомобиль имел полностью независимую подвеску на двойных поперечных рычагах и горизонтальных пружинах с адаптивными амортизаторами, углерод-керамические дисковые тормоза Brembo и пятиспицевые 19-дюймовые легкосплавные колёса с шинами Bridgestone Potenza Scuderia RE050A.

Первые три прототипа Enzo Ferrari тестировались в корпусе от Ferrari 348, чтобы не привлекать излишнего внимания. Карбоновый кузов серийной модели разработал Кен Окуяма под руководством главного дизайнера Pininfarina Лоренцо Рамациотти. В отличие от Ferrari F50, автомобиль был выполнен в виде купе с дверями типа "крыло бабочки", которые крепились в двух точках и охватывали значительную часть крыши. Моторный отсек был накрыт большим задним стеклом с боковыми вентиляционными отверстиями. Узкий кокпит был сдавлен с двух сторон воздухозаборниками, охлаждавшими боковые радиаторы. Скопированный у болида Формулы-1 треугольный нос соединялся с передними крыльями двумя перемычками, а через отверстия между ними свободно циркулировал воздух. Узкие биксеноновые фары спереди и выступающие над линией крыльев двойные круглые фонари сзади стали элементами нового фирменного стиля. Передний свес был непропорционально длинным, а задний практически отсутствовал. Инновационная структура днища и раздвоенный задний диффузор позволяли отказаться от антикрыла и спойлеров. Система активной аэродинамики автоматически уменьшала прижимную силу с 775 кг на скорости 300 км/ч до 585 кг на скорости 350 км/ч.

Ferrari Enzo была первым в мире суперкаром, у которого двигатель, коробка передач, подвеска и тормоза управлялись единой электронной системой, объединявшей в себе устройства ABS, EBD, контроль стабильности и контроль тяги. Настраивалась она при помощи шести кнопок на рулевом колесе, опять же по стандартам Формулы-1. Сиденья проектировались индивидуально под каждого владельца и были сделаны из углеродного волокна, как и большинство внутренних панелей в салоне. Электрические стеклоподъёмники, климат-контроль и аудиосистема предлагались в качестве опций.

Ferrari Enzo была представлена в 2002 г. на Парижском автосалоне после съёмок в фильме "Charlie's Angels: Full Throttle". Вся партия из 399 машин была распродана ещё до начала производства, причём приоритет отдавался тем клиентам, которые уже владели суперкарами F40 и F50. 400-й экземпляр был подарен Папе Римскому Иоанну Павлу II и впоследствии ушёл с молотка на благотворительном аукционе за $1.1 млн.