В 1940 г. компания Ford продала всего 18 ед. дорогой, массивной и устаревшей модели Lincoln Model K. Учитывая популярность автомобиля Lincoln Zephyr, было принято решение построить новый флагман марки на его основе. Традиционная практика производства голых шасси с последующей отправкой их в кузовные ателье ушла в прошлое. Хотя новая модель и получила название Lincoln Custom (т.е. сделанный на заказ), на самом деле она имела унифицированный заводской кузов, разработанный дизайнером Юджином Грегори. В целом он был выполнен в одном стиле с Lincoln Zephyr, но имел более высокую крышу и отдельный багажник, а колёсная база была увеличена со 125” до 138”. На выбор предлагалось всего два кузова: 8-местный седан за $2950 и 8-местный лимузин за $3075. Они оба оснащались двумя откидными сиденьями в спинке переднего дивана, но различались наличием у лимузина стеклянной перегородки. Наряду с базовой тканевой отделкой салона в разных цветах предлагался длинный список нестандартных вариантов интерьера, включая кожу.

Lincoln Custom 168H (1941) разделял с младшей моделью Zephyr 4.8-литровый нижнеклапанный двигатель V12 292 мощностью 120 л.с., 3-ступенчатую механическую коробку передач с овердрайвом Borg Warner и 2-ступенчатую заднюю ось Columbia. В 1942 г. на модели 268H использовался увеличенный 5-литровый мотор V12 305 мощностью 130 л.с., но из-за склонности к перегреву и преждевременному износу после войны от него отказались в пользу предыдущего 4.8-литрового. Рестайлинг 1942 г. включал горизонтальную решётку радиатора на всю ширину кузова, более массивный передний бампер и прямоугольные передние крылья. Кроме того, Lincoln Custom 1942 г. впервые в своём классе получил электрические стеклоподъёмники и электропривод стеклянной перегородки в салоне.

В 1946 г. компания не стала возобновлять производство Lincoln Custom, оставшись без флагманской модели на три года. Всего было продано 650 ед. Lincoln Custom в 1941 г. и 113 ед. в 1942 г. Некоторые седаны и лимузины конвертировались в таун-кары в специализированных ателье. Также в 1942 г. по заказу Белого дома был построен бронированный лимузин весом более 3200 кг. Он прошёл модернизацию в 1946 г. и оставался на службе до 1950 г.