Второе поколение нового Mini выпускалось в 2006-2014 гг. С целью улучшения безопасности все панели кузова были изменены, но это не отразилось на общем дизайне. Если раньше передние фары поднимались вместе с капотом, то теперь для них предусмотрены круглые отверстия в крышке. За счёт добавления 60 мм длины увеличилось багажное отделение и пространство для ног задних пассажиров. В салоне прежде всего обращали на себя внимание огромный круглый спидометр на центральной консоли и кнопка запуска двигателя.

В 2006-2014 гг. Mini был доступен в модификациях Cooper и Cooper S, но с некоторыми усовершенствованиями. Стандартный для Cooper бензиновый 1.6-литровый двигатель был доработан фирмой Prince и оборудован системой изменения фаз газораспределения Valvetronic от BMW, а его мощность повысилась до 121 л.с. Силовой агрегат Cooper S остался без изменений, но его нагнетатель был заменён турбонаддувом, обеспечивающим мощность 172 л.с. В 2011 г. появился Mini Cooper SD с 2-литровым турбодизельным мотором, который выдавал 145 л.с. С 2008 г. на всех вариантах Mini используется инновационная технология экономии топлива Efficient Dynamics. Она состоит из устройства старт-стоп, отключающего двигатель на время остановки, и системы рекуперации энергии торможения, позволяющей снова запустить мотор при нажатии педали сцепления.

В стандартную комплектацию Mini Cooper 2006-2014 гг. входили дисковые тормоза на всех колёсах с ABS, система устойчивости в поворотах CBC, электромеханический усилитель руля, динамический контроль устойчивости DSC с функцией Hill Assist, предотвращающей скатывание автомобиля назад при старте на наклонной поверхности, контроль тяги ASC, а также режим "Sport", регулирующий поведение рулевого управления, коробки передач и обороты двигателя. 

Компания John Cooper Works, основанная в 2000 г. Майклом Купером (сыном Джона Купера), занимается тюнингом серийных моделей Mini. В 2006 г. она выпустила облегчённую спортивную версию Mini John Cooper Works GP в количестве 2000 экземпляров. В 2008 г. был представлен гоночный Mini John Cooper Works Challenge, разработанный совместно фирмой JCW и отделом BMW Motorsport из Мюнхена. Наконец, в 2009 г. началось серийное производство Mini John Cooper Works - топовой модификации Mini с наивысшим уровнем производительности среди автомобилей такого класса. Она была доступна как с кузовом хэтчбэк, так и в виде кабриолета.

Mini John Cooper Works 2009-2014 гг. оснащался 1.6-литровым 4-цилиндровым двигателем с турбонаддувом мощностью 208 л.с., который обеспечивал максимальную скорость свыше 235 км/ч и разгон с 0 до 97 км/ч за 6.2 с. Внешне автомобиль отличался от стандартного Cooper S аэродинамическими обвесами, увеличенным воздухозаборником в переднем бампере и особым цветовым оформлением. На модификацию были установлены усиленная подвеска, большие дисковые тормоза с красными суппортами Brembo и уникальные 17-дюймовые диски с низкопрофильными шинами. В список оснащения входили системы ABS, DSC, CBC, электронное распределение тормозного усилия (EBD), электронная блокировка дифференциала (EDLC) и динамический контроль тяги (DTC), а также чёрная глянцевая отделка интерьера, спортивные сиденья и кондиционер. 

Финальной модификацией второго поколения Mini стала спецверсия John Cooper Works GP, ориентированная на трек, но и допущенная на дороги общего пользования, в отличие от чисто гоночной Mini Challenge. Как и в предыдущем поколении, она была выпущена ограниченным тиражом в 2000 экземпляров. Автомобиль дебютировал в декабре 2012 г. на автошоу в Лос-Анджелесе и поступил в продажу в марте 2013 г. Его 1.6-литровый турбомотор был всего на 3 л.с. мощнее, чем у стандартного Mini JCW, но GP выигрывал за счёт меньшего веса и улучшенной управляемости. В пакет GP входили увеличенные передние тормоза с 6-поршневыми суппортами Brembo, заниженная подвеска с койловерами от Bilstein и 17-дюймовые алюминиевые колёса с полусликами Kumho, а также обвесы из углеродного волокна: передний сплиттер, задний диффузор, плоское днище и спойлер на крышке багажника. Модификация была доступна только с кузовом хэтчбэк в тёмно-сером цвете с красными зеркалами заднего вида и виниловыми наклейками на капоте, крыше и дверях. В салоне Mini JCW GP имел передние сиденья Recaro, обшитые чёрной кожей с красной строчкой, а на месте задних сидений была встроена поперечная трубчатая распорка.