Рестайлинг 1998 г. положил начало второму поколению Mazda MX-5, которое выпускалось до 2005 г. В результате модернизации родстер стал немного шире, небезопасные всплывающие фары уступили место фиксированным, а более обтекаемый нос снизил коэффициент лобового сопротивления до 0,36. Существенных изменений в конструкции автомобиля не произошло: его основой по-прежнему выступала заднеприводная платформа Mazda N с колёсной базой 2265 мм, оборудованная передним и задним подрамниками, реечным рулевым управлением и двухрычажной передней и задней подвеской со стабилизаторами поперечной устойчивости. На выбор было предложено два рядных 4-цилиндровых двигателя DOHC: 1.6-литровый мощностью 108 л.с. (только для Японии и Европы) и 1.8-литровый мощностью 140 л.с. Оба были доступны с 5-ступенчатой механической или 4-ступенчатой автоматической коробкой передач. В список опций вошли система ABS и 15-дюймовые легкосплавные диски с шинами 195/50 VR15. Базовая цена на Mazda MX-5 Miata в США составляла $19770.

В 2001 г. компания внесла в дизайн Mazda MX-5 незначительные правки и увеличила жёсткость несущей структуры. Двигатели с изменяемыми фазами ГРМ теперь развивали 110 и 146 л.с. соответственно, при этом 1.8-литровый оснащался 6-ступенчатой механической коробкой передач. В стандартную комплектацию вошли противотуманные фары, а за доплату были предложены 16-дюймовые колёса с шинами 205/45 VR16, увеличенные дисковые тормоза и амортизаторы Bilstein. В 2002 г. для Австралии была разработана ограниченная серия из 100 автомобилей Mazda MX-5 SP, оснащённых 1.8-литровым мотором с турбонаддувом мощностью 211 л.с. Через год на рынке появилась подобная модификация от заводского тюнинг-ателье Mazdaspeed, тоже с 1.8-литровым турбированным двигателем мощностью 178 л.с. В 2003 г. также было построено 179 экземпляров Mazda Roadster Coupe с фиксированной крышей.

В 2000 г. Mazda MX-5 вошла в Книгу рекордов Гиннеса как самый продаваемый двухместный спортивный автомобиль в истории. На тот момент общий объём её производства с 1989 г. составил 531890 единиц. Повторно машина получила этот титул в 2011 г., когда было продано в общей сложности 900000 единиц.