Американцы долго ждали появления четвёртого поколения Ford Mustang, так как предыдущая модель выпускалась целых 15 лет и к началу 90-х гг. сильно устарела. Руководство компании поставило задачу сделать новый Mustang современным как в техническом, так и в стилистическом плане, при этом сохранив традиционную заднеприводную компоновку и внешнее сходство с оригинальным Мустангом. На проект под кодовым названием SN-95 было выделено $700 млн.; этого хватало только на всестороннюю модернизацию платформы Fox 1979-1993 гг. Над дизайном команда Ford поработала более основательно и в 1990 г. построила три прототипа, известные как "Bruce Jenner", "Rambo" и "Schwarzenegger". Первый был слишком мягким, второй выглядел очень агрессивно, а третий занимал между ними промежуточное положение и стал основой для серийной версии. Mustang 1994 г. получил аэродинамический кузов с округлыми краями, который обеспечивал больше внутреннего пространства и имел жёсткую несущую конструкцию. В нём было заметно возвращение классических элементов дизайна: воздухозаборников в задних крыльях, решётки радиатора с эмблемой жеребца и приборной панели из двух полукруглых частей, разделённых консолью.

Пересмотренная платформа Fox с колёсной базой 2573 мм включала независимую переднюю подвеску на стойках Макферсона со стабилизатором поперечной устойчивости, жёсткий ведущий мост QuadraShock на пружинах сзади, реечное рулевое управление и дисковые тормоза на всех колёсах. Базовый Mustang оснащался 3.8-литровым двигателем V6 OHV мощностью 145 л.с., доступным с 5-ступенчатой механической или 4-ступенчатой автоматической (AODE, с 1996 - 4R70W) коробкой передач. В стандартное оборудование входили 3-точечные ремни безопасности и подушки безопасности для водителя и пассажира, в качестве опций предлагались система ABS, электрические стеклоподъёмники, дверные замки с дистанционным управлением, кондиционер, круиз-контроль, багажник с электроприводом и 230-ваттная аудиосистема с CD-проигрывателем. Mustang четвёртого поколения продавался как купе и кабриолет с посадочной формулой 2+2, от хэтчбэка компания отказалась.

Модификация Ford Mustang GT стоила на $4000 дороже базовой и была доступна как для купе, так и для кабриолета. Под капотом изначально стоял 4.9-литровый мотор Windsor V8 OHV мощностью 215 л.с., но в 1996 г. он был заменён новым двигателем Modular V8 SOHC мощностью 225 л.с. Пакет также включал более жёсткую подвеску, заднюю ось с соотношением 3.27:1, две выхлопных трубы, задний спойлер, спортивные сиденья и 16-дюймовые диски. В 1994 г. журнал Motor Trend назвал Mustang GT автомобилем года, а руководство Indy-500 выбрало кабриолет для участия в гонке в качестве пейс-кара. В течение следующих 12 лет Ford Mustang оставался самым популярным спорткаром в США: он продавался лучше, чем Chevrolet Camaro и Pontiac Firebird вместе взятые.

Ford Mustang GT четвёртого поколения критиковали за низкую мощность в сравнении с Camaro и Firebird, и даже высокопроизводительная модификация Cobra в этом смысле уступала своим конкурентам. Она оснащалась тем же 4.9-литровым двигателем V8 с улучшенным впускным коллектором, который выдавал 240 л.с. Другие изменения заключались в установке увеличенных тормозов с ABS, увеличенного спойлера и 17-дюймовых колёс с шинами Gumball P245/45ZR. Цены составляли $21240 за купе и $24010 за кабриолет, всего с 1994 по 1998 гг. было произведено 39973 единиц Cobra. В 1995 г. отдел SVT выпустил 250 экземпляров Ford Mustang Cobra R с 5.8-литровым двигателем Windsor V8 351 от пикапа F-150 Lightning, мощностью 300 л.с. Эти машины окрашивались только в белый цвет и имели выпуклый капот из стеклопластика. Автомобиль разгонялся с 0 до 96 км/ч за 5.4 с. и предназначался для соревнований SCCA. В 1996 г. стандартный Ford Mustang Cobra получил 4.6-литровый мотор V8 DOHC мощностью 305 л.с. 

В 1999 г. компания Ford провела рестайлинг Мустанга в соответствии с новой стилистической концепцией "New Edge". Кузов автомобиля получил более чёткие контуры, расширенные колёсные арки, нефункциональный воздухозаборник на капоте и угловатые передние и задние фары. В конструкцию тоже были внесены незначительные изменения, а мощность силовых агрегатов увеличилась на 40 л.с.: 3.8-литровый V6 теперь выдавал 190 л.с., а 4.6-литровый V8 - 260 л.с. В период с 1999 по 2004 гг. появилось несколько ограниченных серий Mustang: 35th Anniversary (1999), 40th Anniversary (2004) и Bullitt (2001), а также возрождённая модификация Mach 1 (2003-2004) с 300-сильным двигателем V8 DOHC.

В 1999 г. подразделение Ford SVT подготовило модернизированную версию Cobra с новым кузовом. Её главным преимуществом стала первая для Mustang независимая задняя подвеска IRS на рычагах неравной длины и винтовых пружинах со стабилизатором поперечной устойчивости. Мощность 32-клапанного двигателя V8 объёмом 4601 см3 была увеличена до 320 л.с. Автомобиль также получил стандартные системы ABS и трэкшн-контроля и увеличенные дисковые тормоза Brembo. В 2003 г. было внесено ещё несколько существенных изменений: мотор DOHC был оборудован нагнетателем Eaton M112 и теперь развивал 390 л.с., в комплектацию вошли 6-ступенчатая механическая коробка передач Tremec, 5-спицевые литые диски с шинами 275/40ZR Goodyear Eagle F1, усиленная подвеска и задний диффузор.

Ультимативный muscle-кар Ford Mustang Cobra R вернулся на рынок в 2000 г. с 5.4-литровым двигателем V8 DOHC от Lincoln Navigator мощностью 385 л.с., размещённым под выпуклым капотом. Модификация также оснащалась подвеской с ультражёсткими пружинами Eibach и амортизаторами Bilstein, огромными тормозами Brembo с 4-поршневыми суппортами, 18-дюймовыми коваными алюминиевыми дисками, специальными шинами 265/40ZR Goodrich "G-Force KD", коробкой передач Tremec T56, гидромеханическим дифференциалом с отношением 3.55:1, высоким задним антикрылом, передним аэродинамическим сплиттером и облегчённым интерьером с сиденьями Recaro. За всё это нужно было заплатить $54995, в то время как обычное купе Cobra стоило $33460.