К сентябрю 1965 г., за полтора модельных года, было произведено 680989 Мустангов, из них 559451 за 1965-й модельный год. Общая прибыль компании за первые два года выпуска Ford Mustang составила примерно $1.1 млрд., во многом за счёт того, что большинство покупателей вдобавок к базовой цене заказывали опции на среднюю сумму $400. Причиной увеличения продаж стало введение в сентябре 1964 г. нового кузова фастбэк 2+2 - спортивного купе с покатой крышей, выпуклым задним стеклом, отдельной крышкой багажника и треугольными вентиляционными жалюзи в задних стойках. Задуманный как конкурент фастбэка Plymouth Barracuda, Ford Mustang Fastback оказался намного привлекательнее него в глазах поклонников скорости. В 1965 г. также был предложен в качестве опции пакет GT, который включал двигатель V8, усовершенствованные подвеску и рулевое управление, передние дисковые тормоза Kelsey-Hayes, самоблокирующийся дифференциал, сдвоенную выхлопную систему, улучшенную отделку интерьера с круглыми приборами и панелями под дерево, противотуманные фары на решётке радиатора и гоночные полосы в нижней части кузова.

Внешне Ford Mustang в 1965 г. остался прежним, но комплектация немного изменилась. 2.8-литровый 6-цилиндровый мотор от Falcon был заменён 3.3-литровым 200 мощностью 120 л.с. от Fairlane, а 4.3-литровый V8 260 был вытеснен 4.7-литровым V8 289, доступным в трёх вариантах: C-code с 2-камерным карбюратором (200 л.с.), A-code с 4-камерным (225 л.с.) и K-code в настройке "Hi-Po" (271 л.с.). Кроме того, машины получили новый генератор переменного тока и стандартное регулируемое пассажирское сиденье. В 1965 г. Кэрролл Шелби начал выпускать высокопроизводительную модификацию Ford Mustang под названием Shelby 350 GT. Многие компоненты этого автомобиля, включая клапанные головки Cobra, продавались у дилеров как дополнительные опции. 

В 1965 г. основатель журнала Automobile Quarterly Скотт Бэйли предложил известному итальянскому дизайнеру Нуччио Бертоне построить собственную версию Ford Mustang. Проектом занялся молодой сотрудник ателье Bertone Джорджетто Джуджаро. Он изготовил кузов с более гладкими линиями в европейском стиле, широкой решёткой радиатора, скрытыми сдвоенными фарами и полностью остеклённой задней частью салона. Автомобиль был представлен на Нью-Йоркском автосалоне 1965 г., где получил награду "best in show". Впоследствии на этом Мустанге ездил сам Бертоне, а в настоящее время владелец концепт-кар неизвестен.