На протяжении 50-х гг. Skoda выпускала неплохие по западноевропейским меркам автомобили классической компоновки с магистральной рамой, конструкция которой восходила к началу 30-х гг. Когда ресурс этой схемы был исчерпан, предприятие стало строить планы по запуску полностью новой модели с несущим кузовом, способной удовлетворить внутренний спрос на дешёвые машины и при этом соответствовать требованиям экспортных рынков. Руководство отрасли поставило задачу сделать автомобиль лёгким (700 кг), экономичным (6-7 л/100 км), вместительным и недорогим в производстве. На ранней стадии проектирования инженеры рассматривали два варианта компоновки: переднеприводную и заднемоторную. Первая была более перспективной, но от неё отказались из-за отсутствия практики изготовления шарниров равных угловых скоростей (ШРУС), в то время как богатый опыт постройки заднемоторных машин имели сотрудники фирмы Tatra, включённой в состав Skoda AZNP в 1951 г. Решение установить двигатель сзади объяснялось и тем, что в начале 60-х гг. такое устройство применялось на многих европейских малолитражках, таких как Renault Dauphine, Renault 8 и Simca 1000, хотя к концу десятилетия оно однозначно устарело.

Skoda 1000 MB (буквы "MB" указывали на место производства - новый завод в Млада-Болеславе) пришла на смену седанам Skoda Octavia и Skoda 1201. Поскольку силовой агрегат у неё находился в заднем свесе, разработать на её базе универсал было проблематично (хотя в 1963 г. был изготовлен один прототип с 5-дверным кузовом Combi), так что универсалы Octavia Combi и Skoda 1202 выпускались параллельно с седаном 1000 MB до начала 70-х гг. Благодаря несущей конструкции кузова и отсутствию трансмиссионного туннеля Skoda 1000 MB имела просторный пятиместный салон, а в переднем отсеке хватало место и для бензобака с запасным колесом, и для багажника. По внешним пропорциям автомобиль казался переднемоторным, но эту иллюзия нарушало отсутствие решётки радиатора впереди и наличие её сзади, а также боковые воздухозаборники в задних крыльях. Для 1964 г. дизайн модели был ещё современным, только панорамное заднее стекло и хвостовые плавники уже выходили из моды.

На Skoda 1000 MB ставился рядный 4-цилиндровый двигатель водяного охлаждения, объёмом 988 см3 и мощностью 42 л.с. Он располагался продольно под углом 30°, рядом с радиатором и охлаждавшим его вентилятором, в одном блоке с полностью синхронизированной 4-ступенчатой механической коробкой передач и дифференциалом. Блок цилиндров был отлит под давлением из алюминиевого сплава, а головка с двумя клапанами на цилиндр (OHV) делалась из чугуна. Автомобиль оснащался полностью независимой подвеской на пружинах, с двойными поперечными рычагами спереди и качающимися полуосями сзади, и гидравлическими барабанными тормозами на всех колёсах. Колёсная база составляла 2400 мм.

Стандартная Skoda 1000 MB стоила 44000 крон и выпускалась с 1964 по 1969 гг. без особых изменений. Только в 1968 г. исчезло панорамное заднее стекло, боковые вентиляционные отверстия стали прямоугольными, а переднюю хромированную рамку заменила сплошная горизонтальная полоска. В 1966 г. поступила в продажу модификация 1000 MB de Luxe с улучшенной отделкой и форсированным 48-сильным мотором. В том же году последовали версии 1000 MBG de Luxe (седан) и 1000 MBX de Luxe (хардтоп купе), которые имели 1-литровый двигатель с двумя карбюраторами, мощностью 52 л.с. Оба варианта были доступны до 1968 г., пока их не сменили Skoda 1100 MB de Luxe (седан) и Skoda 1100 MBX de Luxe (хардтоп купе), оснащённые увеличенным до 1107 см3 4-цилиндровым двигателем мощностью 52 л.с. Всего с 1964 по 1969 гг. были проданы 443903 единицы серии MB, включая 2517 купе MBX. Больше половины автомобилей ушли на экспорт.