Разработка модели Saab 99 началась 2-го апреля 1965 г. в день Гудмунда (по шведскому календарю имён), поэтому автомобиль стал известен под кодовым названием "Проект Гудмунд". Его готовили как преемника Saab 96, но конструкторы с самого начала планировали сделать его больше по габаритам и оснастить четырёхтактным двигателем вместо двухтактного. Эскиз совершенного нового кузова нарисовал дизайнер Сикстен Сасон, не доживший несколько недель до премьеры Saab 99 в Стокгольме в 1967 г. Однако проект до последнего держали в тайне, и тестирование мотора, трансмиссии и ходовой части проводилось на прототипе под названием Paddan ("Жаба"), получившем кузов от Saab 96, расширенный на 20 см. В 1968 г. первый Saab 99 с кузовом купе сошёл с конвейера завода Saab в Тролльхеттане, а через год модель поступила в производство на финском предприятии Valmet Automotive в Уусикаупунки. 4-дверный седан появился в продаже в 1971 г., 3-дверный хэтчбэк Combi Coupe - в 1974 г. Версия с 3-дверным кузовом универсал в серию не пошла.

У предшественников Saab 99 не унаследовал ничего, кроме переднеприводной компоновки с продольным расположением двигателя. Отказавшись от традиционных двухтактных моторов, компания Saab заключила контракт на поставку силовых агрегатов с британской фирмой Triumph. Предложенный ею рядный 4-цилиндровый мотор OHC объёмом 1709 см3 и мощностью 87 л.с. представлял собой половину блока V8 от Triumph Stag, поэтому устанавливался он под углом 45° и задом наперёд. Изначально он был карбюраторным, но с 1970 г. в модификации 99E оснащался электронным впрыском топлива Bosch L-Jetronic, с которым мощность составляла 95 л.с., а расход бензина - 7,8 л/100 км. В 1971 г. объём двигателя увеличился до 1854 см3, а мощность - до 88 л.с. в карбюраторном варианте и 97 л.с. в инжекторном. Через год появилась модификация Saab 99 EMS (Electronic-Manual-Special), оснащённая рядным 4-цилиндровым мотором собственной конструкции с впрыском топлива Bosch D-Jetronic, объёмом 1985 см3 и мощностью 110 л.с. Эта версия также отличалась более жёсткой подвеской, улучшенной внутренней отделкой и опциональной краской металлик. Её максимальная скорость составляла 170 км/ч.

Несущий кузов у Saab 99 был гораздо больше и вместительнее, чем у автомобилей серии 92-96. На его дизайн наложила отпечаток мода на плоские поверхности и прямые углы, но это не отразилось на аэродинамике: коэффициент лобового сопротивления составлял всего 0,37. Закруглённое, почти панорамное лобовое стекло обеспечивало хорошую видимость, передненависной капот покрывал не только моторный отсек, но и половину передних крыльев, а хвостовая часть была спроектирована таким образом, что имела одинаковую форму как на купе, так и на хэтчбэке. Американская версия отличалась от европейской только светотехникой: сдвоенными круглыми фарами вместо одинарных прямоугольных блоков. На Saab 99 впервые в мире получили применение стеклоочистители фар и травмобезопасный выключатель зажигания на полу между сиденьями, блокировавший не рулевую колонку, а рычаг КПП. Эти нововведения дополнили и без того широкий список защитного оборудования: мягкой панели приборов, ремней безопасности, подголовников, поглощающих удар пластиковых бамперов и т.д. Кроме того, в 1971 г. Saab 99 стал первым автомобилем, доступным с электрическим подогревом сидений.

Saab 99 мог бы остаться типичной машиной своего времени, но в 1978 г. компания Saab освоила технологию, сделавшую его родоначальником целого класса семейных автомобилей с турбированными двигателями. Ранее применение турбонаддува на серийных моделях было ограничено в связи с длительной задержкой при разгоне с места - т.н. турбоямой. Инженерам Saab не удалось до конца устранить эту проблему, они сделали так, что при достижении 3000 об/мин запоздалая реакция на педаль газа с лихвой компенсировалась возрастанием мощности - "турбоподхватом". С помощью турбонаддува Garrett T3 и впрыска топлива Bosch K-Jetronic мощность 2-литрового 4-цилиндрового двигателя была увеличена до 145 л.с., а максимальная скорость достигла 200 км/ч. При этом снаружи Saab 99 Turbo отличался от базовой версии только эксклюзивными литыми дисками и передним и задним спойлерами. Только за первый год было продано более 10000 турбированных Saab 99, большинство из них - с кузовом хэтчбэк. Пятидверный Saab 99 Turbo был выпущен в количестве всего 100 экземпляров, а двухдверных купе фирма продала в 10 раз больше, но только ради того, чтобы получить омологацию в ралли. Результат не заставил себя ждать: в 1979 г. Стиг Бломквист за рулём Saab 99 Turbo выиграл Шведское ралли.