В конце 50-х гг. Ford Motor Company потеряла $300 млн в результате провала с проектом Edsel, и ещё $60 млн убытков принесла люксовая модель Continental 1958-1960 гг. Руководство компании было вынуждено ликвидировать подразделения Edsel и Continental, а следующей за ними на очереди стояла марка Lincoln. Для её спасения требовались радикальные меры: как минимум полный рестайлинг и пересмотр модельного ряда, хотя, как показали исследования специально созданной комиссии, причиной неудач Lincoln как раз было отсутствие преемственности дизайна между предыдущими поколениями автомобилей. Перед конструкторами стояла задача разработать полностью новый Lincoln Continental, заменив им сразу три прежних серии Lincoln (Continental, Premiere и Capri), и при этом сохранить историческую связь с прошлым бренда.

В 1958-1961 гг. дизайнеры Ford работали одновременно над двумя проектами: третьим поколением Ford Thunderbird и четвёртым поколением Lincoln Continental. Получилось так, что двухдверный макет, созданный Элвудом Энгелем, первоначально предназначался для Thunderbird, но по распоряжению вице-президента Ford Роберта Макнамары был немного изменён и приспособлен для 4-дверной модели Continental. Этим объясняется заметное сходство в оформлении двух автомобилей разных марок и классов: и Thunderbird, и Continental получили объединённую с передним бампером клетчатую решётку радиатора с выступающим хромированным разделителем и сдвоенными круглыми фарами в овальных блоках. Отчасти Энгель позаимствовал это решение у немецких стилистов Ford, в 1960 г. выпустивших свой Taunus 17M. Но если Thunderbird имел сигарообразные боковины с круглыми задними фонарями, что вызывало ассоциации с ракетой, то у Continental борта были плоскими и прямолинейными, от края до края, лишь с небольшим выступом поясной линии перед задними крыльями. От пережитков ракетного века вроде хвостовых килей и панорамного лобового стекла не осталось и следа. Передний и задний бамперы аккуратно огибали концы крыльев, сзади между вертикальными фонарями была вписана узкая декоративная решётка, а плоская крыша седана имела широкие задние стойки и заднее стекло с нормальным наклоном. Все эти особенности дизайна получили распространение на других американских машинах только с середины 60-х гг.

Для Lincoln Continental было предусмотрено только два варианта кузова, и оба четырёхдверные: седан и кабриолет. Следует отметить, что последний в США 4-дверный кабриолет - Frazer Manhattan - был снят с производства ещё в 1951 г. Более того, Continental получил "самоубийственные" задние двери, от которых компания тоже отказалась в 1951 г. Это был не стилистический приём, а необходимость: при длине колёсной базы 123" (3124 мм) задние пассажиры не смогли бы комфортно выйти из салона через обычные двери. Новый Continental вообще был на 380 мм короче своего предшественника, но при этом салон у него остался 6-местным. Тем не менее, по весу автомобиль превосходил всех конкурентов в своём классе, и не только из-за возвращения к традиционной конструкции шасси вместо несущего кузова. Как на седане, так и на кабриолете периферийная рама имела дополнительное усиление, иначе при малейшей потере жёсткости двери перестали бы закрываться. Изначально предлагалось даже полностью отказаться от дверных стоек, чтобы двери соединялись замками между собой и с полом, но эта идея не нашла одобрения. Боковые стёкла были безрамными и на кабриолете убирались вместе с разделявшими их стойками, в отличие от седана, где стойки были тонкими, но всё же фиксированными. В целях безопасности на панели приборов находился мигающий индикатор открытых дверей.

Механически Lincoln Continental 1961 г. мало отличался от предыдущей модели, за исключением вышеупомянутой отдельной рамы. Он оснащался 7-литровым верхнеклапанным двигателем V8 430 с 4-камерным карбюратором, мощность которого была снижена до 300 л.с., но расход топлива по-прежнему превышал 20 л/100 км. Независимая передняя подвеска на пружинах, неразрезной задний мост на рессорах, гидравлические барабанные тормоза и 3-ступенчатая автоматическая коробка передач Turbo-Drive остались без изменений. В салоне впервые появилась консоль с радиоприёмником, разделявшая кокпит на две симметричные половины. По центру приборной панели располагался горизонтальный спидометр, а по обе стороны от него - датчики и часы, стилизованные под эмблему Lincoln. В отделке интерьера использовались кожа и ореховый шпон. Электрические стеклоподъёмники, электропривод сидений, усилитель руля, усилитель тормозов и вакуумные дверные замки входили в стандартную комплектацию; кондиционер и регулируемый по высоте руль предлагались за доплату. Несмотря на большие размеры, мягкий верх кабриолета складывался автоматически и полностью умещался в огромный багажник.

Lincoln Continental предлагался с беспрецедентной заводской гарантией на 2 года или 39000 км пробега. Его продажи уже в первый год составили 25160 единиц. В целом, Lincoln Continental четвёртого поколения оказался одним из самых успешных автомобилей в истории марки, принеся подразделению Lincoln-Mercury около $20 млн прибыли. Элегантный, нестареющий дизайн Элвуда Энгеля заслужил множество наград и показал американцам, что автомобиль может оставаться модным, не подвергаясь ежегодному рестайлингу. Несмотря на печальную связь с убийством Джона Кеннеди, Lincoln Continental 1961-1969 гг. стал неотъемлемой частью американской культуры. Он снимался в таких популярных фильмах и сериалах, как "Goldfinger" (1964), "Green Acres" (1965-1971), "Last Action Hero" (1993), "Kalifornia" (1993), "Inspector Gadget" (1999), "The Matrix" (1999), "Entourage" (2004-2011), "In Time" (2011) и др. 

Дизайн четвёртого поколения Lincoln Continental оставался актуальным до конца 60-х гг. Ежегодно вносились лишь косметические изменения, например, упрощённая решётка радиатора с "плавающими" прямоугольниками и тонким горизонтальным разделителем. В 1963 г., учитывая пожелания клиентов, компания увеличила пространство для ног задних пассажиров и объём багажника, а также установила решётку радиатора с обычными клетками и генератор переменного тока. Мощность двигателя повысилась до 320 л.с. Продажи модели составили 31061 ед. в 1962 г. и 31233 ед. в 1963 г. 

На момент избрания Джона Кеннеди президентом США в 1961 г. автомобильный флот Белого дома состоял из устаревших моделей: парадного кабриолета Lincoln Cosmopolitan 1950 г. Трумэна и нескольких "Кадиллаков" Эйзенхауэра. Для их замены в 1961 г. ателье Hess & Eisenhardt построило удлинённый открытый лимузин Lincoln Continental X-100, в котором Кеннеди был застрелен в 1963 г., а в 1962 г. - ещё две машины со стандартной колёсной базой. Один из них - Town Limousine - имел фиксированную виниловую крышу, второй, известный как "Bubbletop", комплектовался съёмным пластиковым колпаком над задними сиденьями, либо виниловой панелью. Обычно на Lincoln Continental "Bubbletop" ездила первая леди Жаклин Кеннеди, но автомобиль также использовался для приёма иностранных дипломатов и высокопоставленных гостей. Лимузин был списан в 1972 г. и до 1985 г. простоял вместе с X-100 в Музее Генри Форда, а затем оказался в частной коллекции. В 2010 г. он был продан на аукционе RM в Монтерее за $429000.

В 1964 г. колёсная база Lincoln Continental увеличилась до 126" (3200 мм), а мощность двигателя - до 320 л.с. Другие изменения включали плоские боковые стёкла, пересмотренную крышу седана, пять вертикальных полос на решётке радиатора и новую панель приборов с четырьмя квадратными датчиками на одной горизонтальной линии. В этом году было продано 36297 ед. Lincoln Continental. В 1964 и 1965 гг. компания построила два шоу-кара Continental Town Brougham с кузовом таун-кар, оснащённым выдвижной стеклянной перегородкой между сиденьями, на шасси с колёсной базой 131". 

Наверно, самым известным автомобилем в истории США стал открытый президентский лимузин Х-100 (или SS-100-X), в котором был убит Джон Кеннеди. В 1961 г. Секретная служба заказала фирме Hess & Eisenhardt из Цинциннати (Огайо) перестроить для нужд президента кабриолет Lincoln Continental 1961 г., приобретённый по цене $7347. Его колёсная база была увеличена до 156", между передними и задними дверями появилась вставка, мощность двигателя V8 430 повысили до 350 л.с., а шасси получило дополнительное усиление, хотя кузов оставался не бронированным. В список дополнительного оборудования вошли убирающиеся подножки и поручни для агентов охраны, радиотелефоны, гидравлически поднимающееся заднее сиденье, комплект Continental (встроенное в задний бампер запасное колесо) и несколько вариантов съёмной крыши: твёрдая, прозрачная пластиковая ("Bubbletop") и складывающаяся мягкая. Стоимость преобразований составила $200000. Как правило, Кеннеди ездил на Х-100 с открытым верхом, потому что при солнечном свете система охлаждения не обеспечивала оптимальной температуры в салоне под прозрачным колпаком. Автомобиль был окрашен в тёмно-синий цвет и на момент убийства имел внешнее оформление модели Continental 1962 г.

После событий в Далласе Х-100 вернули назад в ателье Hess & Eisenhardt, где автомобиль получил титановую броню, защищённые от пробивания колёса с твёрдыми алюминиевыми дисками, пуленепробиваемые стёкла и фиксированную прозрачную крышу. Обновлённый лимузин, неофициально названный Quick Fix, был перекрашен в чёрный цвет. Он возил президента Джонсона до 1969 г., а затем оставался на службе Белого дома ещё 9 лет, преодолев за это время 50000 миль по земле и более миллиона миль по воздуху. С 1978 г. Lincoln Continental X-100 находится в Музее Генри Форда в Дирборне. 

В 1965 г. Lincoln Continental получил новую горизонтальную решётку радиатора с выступом посередине и габаритные огни на краях передних крыльев, а решётка сзади исчезла. В стандартную комплектацию вошли дисковые тормоза и передние ремни безопасности с преднатяжителями. В линейку кузовов был добавлен удлинённый лимузин, который изготавливался по специальному заказу фирмой Lehmann-Peterson. Объём производства увеличился до 40180 ед.

В 1966 г. Lincoln Continental впервые с 1960 г. стал доступен в 2-дверном варианте, с кузовом хардтоп купе. Автомобиль немного увеличился в размерах, а вместе с ним вырос и объём двигателя: 7.6-литровый V8 462 теперь развивал 340 л.с. и соединялся с 3-ступенчатой автоматической трансмиссией C6. Габаритные огни снова переместились с крыльев на бампер, как и горизонтальные задние фонари; центральная часть решётки радиатора выступила вперёд вместе с передним краем капота; панель приборов стала прямоугольной, руль - двухспицевым. У кабриолета был усовершенствован механизм складывания крыши. Цены в этом году снизились на $600, а продажи выросли до 54755 ед.

В 1967 г. изменений практически не последовало, за исключением поглощавшей энергию удара рулевой колонки и поясных ремней безопасности. В 1968 г., когда дебютировала самостоятельная модель Continental Mark III, стандартный Continental также остался прежним, только габаритные огни вернулись на края передних крыльев. К концу года на него был установлен новый двигатель V8 460 того же объёма (7565 см3), но мощностью уже 365 л.с. В заключительном для четвёртого поколения Continental 1969-м году модель отличалась более широкой центральной частью решётки радиатора с клеточным разделением, а также стандартными подголовниками сидений. Продажи составили 45667 ед. в 1967 г., 39134 ед. в 1968 г. и 30858 ед. в 1969 г. 

В 1969 г. 37-й президент США Ричард Никсон заказал себе новый лимузин на базе Lincoln Continental. Он обратился за услугой в ателье Lehmann-Peterson, основанное в 1963 г. и специализировавшееся на изготовлении серийных лимузинов Continental. В целях безопасности кузов автомобиля был сделан закрытым и полностью бронированным, но с прозрачной крышей над задними сиденьями и сдвижным люком, чтобы президент мог предстать перед публикой во время парада. Ранее, в 1968 г., фирма Lehmann-Peterson построила для Секретной службы ещё два кабриолета на базе Lincoln Continental 1967 г., оснащённых выдвигающимися подножками и поручнями. Они использовались в президентском кортеже как машины сопровождения. 

Lincoln Continental Town Sedan 1969 г. продолжил дело шоу-каров Lincoln Continental Town Brougham 1964 и 1965 гг., которые отличались от серийных моделей тех лет отсутствием крыши над передними сиденьями, виниловой крышей над пассажирской частью с S-образными украшениями на задних стойках, стеклянной перегородкой с электроприводом в салоне и сверхроскошной отделкой заднего отсека. Всё то же самое имел и Town Sedan 1969 г., но вдобавок он получил скрытые фары от Continental Mark III, лобовое стекло без верхней рамки, тонкие вертикальные поворотники на крыльях и колёсные диски с глубокими тарелками. Автомобиль был укомплектован электроприводами дверей, передними ковшеобразными сиденьями с центральной консолью, телефоном и цветным телевизором Philco. До серийного производства этот кузов не дошёл, но некоторые элементы его отделки вошли в пакет Town Car, предложенный для стандартного седана Continental в 1969 г.