В 1999 г. компания Honda отпраздновала свой 50-летний юбилей, запустив в серийное производство модель S2000. Тем самым она вернулась к истокам и возродила концепцию спортивного автомобиля серии S500/S600/S800, который выпускался в 1963-1970 гг. Как и его предки, новый родстер от Honda получил заднеприводную компоновку с 4-цилиндровым двигателем, расположенным спереди продольно, несмотря на то, что последние 30 лет все машины Honda, за исключением центральномоторной NSX, были переднеприводными. Кроме того, силовой агрегат у него был смещён за переднюю ось, что обеспечивало идеальное распределение веса - 50:50. Двухместный алюминиевый кузов имел полунесущую конструкцию с X-образной рамой (передней и задней "вилками", соединёнными центральной перемычкой), придававшей ему необходимую жёсткость и безопасность при столкновении. Honda S2000 была компактной, лёгкой и маневренной, но в её превосходной управляемости немаловажную роль играла и продуманная структура ходовой: независимая подвеска на двойных поперечных рычагах, рулевое управление с электрическим усилителем (на японской модификации Type V - ещё и с переменным передаточным числом), 16-дюймовые легкосплавные диски и шины Bridgestone Potenza S-02.

Прототип Honda S2000 под названием Honda SSM был представлен в 1995 г. на Токийском автосалоне. Серийная версия, разработанная под руководством создателя Honda NSX Шигеру Уэхара, собиралась вместе с NSX на специальном заводе в Точиги. Автомобиль оснащался рядным 4-цилиндровым 16-клапанным двигателем VTEC объёмом 1997 см3 и мощностью 250 л.с. в японской версии или 240 л.с. в европейской и американской. Этот мотор обладал самой высокой удельной мощностью среди атмосферных силовых агрегатов - 120 л.с. на литр объёма. Кроме него в стандартную комплектацию Honda S2000 входили 6-ступенчатая механическая коробка передач, дисковые тормоза с ABS и электронным распределением тормозных усилий, самоблокирующийся дифференциал Torsen, мягкий верх с электроприводом (съёмная жёсткая крыша из алюминия предлагалась за доплату), спортивные кожаные сиденья, цифровая панель приборов, две ПБ, центральный замок, иммобилайзер, электрические стеклоподъёмники, электропривод зеркал, кондиционер и стереосистема. 

В ходе модернизации 2003 г. Honda S2000 мало изменилась внешне, но получила пересмотренную подвеску, 17-дюймовые колёса с шинами Bridgestone RE-050, светодиодные задние фонари и косметические изменения в интерьере. На американскую, а позже и на японскую версии был установлен увеличенный до 2157 см3 4-цилиндровый двигатель мощностью 242 л.с. Производство модели перенесли в Сузуку. После 2006 г. продажи Honda S2000 начали падать, и компания выпустила несколько ограниченных серий для разных рынков. В США в 2008 г. продавалась облегчённая модификация Club Racer с улучшенной аэродинамикой, лишённая мягкой крыши (699 единиц). В Европе последние 100 экземпляров Honda S2000 назывались Ultimate Edition (GT Edition 100 в Великобритании) и были доступны только в белом цвете с красным кожаным салоном. Всего с 1999 по 2009 гг. компания изготовила 110673 ед. Honda S2000.