В середине 60-х гг. в США сформировался особый класс автомобилей под названием muscle-кары - компактных или среднеразмерных купе и кабриолетов, оснащённых мощными большеблочными двигателями от полноразмерных моделей. Первым из этой категории был Pontiac GTO, но вслед за ним muscle-кары появились и у других производителей. Компания Ford в 1964 г. выпустила ограниченную серию Fairlane Thunderbolt с гоночным двигателем V8 427 под капотом, а в 1966 г. представила обновлённый Fairlane второго поколения, разработанный для замены Galaxie на трассах NASCAR. Следуя моде тех лет, дизайнеры сделали кузов машины более мускулистым, с изогнутыми задними крыльями и отсутствием хромированных украшений. В то же время его стиль был максимально приближён к полноразмерным Ford Galaxie 1965-1966 гг.: Fairlane получил вертикальные сдвоенные передние фары, двухуровневую горизонтальную решётку радиатора и вертикальные прямоугольные фонари сзади. Для улучшения аэродинамики 2-дверный хардтоп был оснащён крышей полу-фастбэк с длинными боковыми окнами и сильно наклоненным задним стеклом, что давало преимущества в гонках NASCAR.

Колёсная база Ford Fairlane увеличилась на полдюйма, до 116" (2946 мм), но без существенных изменений в конструкции несущего кузова. В список силовых агрегатов входили базовый 3.3-литровый 6-цилиндровый 200 мощностью 120 л.с., 4.7-литровый V8 289 мощностью 200 л.с. и большеблочный 6.4-литровый V8 390 мощностью 265 или 315 л.с. Те, кто хотел ещё большей производительности, могли заказать модификацию Fairlane 500GT со стандартным мотором V8 390 мощностью 335 л.с., усиленной подвеской на пружинах со стабилизатором поперечной устойчивости спереди и на полуэллиптических рессорах сзади, передними дисковыми тормозами и двойным выхлопом. На выбор предлагались 3-х или 4-ступенчатая механическая (500GT) и 3-ступенчатая автоматическая коробка передач с Т-образным переключателем SelectShift (GTA). Внешне хардтопы и кабриолеты Fairlane 500GT отличались чёрной решёткой радиатора, вентиляционными жалюзи на капоте и боковыми полосами в нижней части кузова. За $2843 Ford Fairlane 500GT был неплохим предложением, но из-за большого веса уступал по динамике своим конкурентам из GM и Chrysler.

В 1966 г. серия Fairlane включала 2-х и 4-дверный седаны, хардтоп купе, кабриолет и 5-дверный универсал (в том числе в "деревянной" версии Country Squire). По уровню отделки модель делилась на базовую, Fairlane 500 и Fairlane 500/XL с ковшеобразными передними сиденьями и консолью. Всего в этом году было продано 317274 единиц Ford Fairlane, из них 33015 купе и 4327 кабриолетов 500GT. В 1967 г. произошли незначительные изменения во внешней отделке и введение некоторых мер безопасности в салоне. К прежним типам кузова присоединился пикап Ranchero, который раньше выпускался на платформе Falcon. В пакете 500GT стандартным стал двигатель V8 289 (200 л.с.), опционным - 6.4-литровый V8 390 (270 или 320 л.с.). Продажи снизились до 238688 единиц, из них 18670 купе и 2117 кабриолетов 500GT. В 1968 г. появилось следующее поколение Ford Fairlane, заполнившее промежуток между компактным Ford Falcon и более роскошным среднеразмерным Ford Torino. 

Ford Fairlane с 7-литровым двигателем V8 427 был идеальным автомобилем для соревнований NASCAR и NHRA. Для участия в гонках требовалось продать определённое количество таких машин, и компания Ford выпустила в 1966 г. серию из 57 единиц. Это были исключительно белые 2-дверные хардтопы 500/XL, оснащённые стеклопластиковым капотом с огромным воздухозаборником и 4-ступенчатой механической коробкой передач "Top-Loader". Мотор был доступен с одним (W-code) или с двумя (R-code) 4-камерными карбюраторами Holley, мощностью 410 или 425 л.с. соответственно. В 1967 г. было произведено ещё 200 экземпляров Ford Fairlane 427, теперь уже с разной окраской кузова, после чего этот силовой агрегат уже не появлялся на серийном Fairlane.

В сезоне 1966 г. команда Ford официально отказалась от участия в NASCAR из-за споров по поводу легализации мотора 427 SOHC. Это открыло дорогу всемогущим Dodge и Plymouth с двигателями 426 Hemi, но выступавшие в частном порядке модели Ford тоже показали неплохие результаты, причём среднеразмерный Fairlane и его двойник Mercury Comet оказались быстрее, чем полноразмерные Galaxie. Вернувшись на трассы в 1967 г., команда Ford выступала на Fairlane, оснащённым проверенным мотором V8 427 Wedge (вместо SOHC). В целом Форды выиграли 10 гонок из 49, но победа в этом году досталась Ричарду Петти на Plymouth.