После двух лет отсутствия на рынке высокопроизводительная модификация BMW M5 вернулась в модельный ряд BMW в новом кузове - Е39. Представленная на Женевском автосалоне 1998 г., она вызвала у одних энтузиастов восторг, у других - разочарование. С одной стороны, по характеристикам, комфорту и технологиям она была на уровень выше своей предшественницы. С другой стороны, она утратила свой особый статус и теперь собиралась на общем конвейере в Дингольфинге, а не на отдельном объекте в Гарфинге. В этом поколении BMW M5 предлагалась только с кузовом седан, который отличался увеличенным воздухозаборником в переднем бампере, хромированной окантовкой решётки радиатора, задним диффузором с двойными выхлопными трубами, обтекаемыми боковыми зеркалами и эксклюзивными 18-дюймовыми дисками. Несмотря на короткий период выпуска (1998-2003), компания построила больше BMW M5, чем в двух предыдущих поколениях, вместе взятых - 20482 ед.

Вместо рядного 6-цилиндрового мотора на BMW M5 (Е39) ставился 4.9-литровый двигатель V8 DOHC (S62) мощностью 400 л.с., который имел компьютерную систему управления Siemens MSS 52 Motronic и электронный дроссель (EML), ускорявший отклик при нажатии кнопки "Sport". В сравнении с базовой 5-й серией BMW M5 оснащалась 6-ступенчатой механической коробкой передач Getrag Type D с изменёнными отношениями, самоблокирующимся дифференциалом, усиленной подвеской (на стойках Макферсона спереди и многорычажной сзади) и увеличенными вентилируемыми тормозными дисками. В комплектацию входили система ABS, контроль тяги ASC и динамический контроль стабильности DSC, а также ксеноновые блок-фары, бортовой компьютер, электрически регулируемые передние сиденья с подогревом и памятью, климат-контроль, круиз-контроль, навигация и парктроник. Максимальная скорость была ограничена электроникой на отметке 250 км/ч.