Nissan Skyline девятого поколения (R33) поступил в продажу в августе 1993 г., а его спортивная версия GT-R – в январе 1995 г. Модель прошла незначительный рестайлинг и получила ряд улучшений в сфере безопасности (подушки безопасности и внутренние защитные дуги). Как и раньше, Skyline был доступен с кузовом купе или седан с задним или полным приводом. В связи с отменой 4-цилиндровых моторов базовым стал 2-литровый рядный 6-цилиндровый двигатель SOHC мощностью 130 л.с., а за доплату предлагался 2.5-литровый DOHC с изменяемыми фазами газораспределения, мощностью 190 л.с. в атмосферном варианте или 250 л.с. – с турбонаддувом. Оба агрегата предлагались с 5-ступенчатой механической или 4-ступенчатой автоматической коробкой передач. В список опций входили активный дифференциал повышенного трения и усовершенствованная система подруливания задних колёс Super HICAS. Всего с 1993 по 1998 гг. было продано 217133 ед. Nissan Skyline в кузове R33.

Nissan Skyline GT-R R33, известный по прозвищу "Годзилла", унаследовал у своего предшественника R32 2.6-литровый рядный 6-цилиндровый двигатель DOHC с двойным турбонаддувом номинальной мощностью 280 л.с. (фактически – около 305 л.с.), но его крутящий момент вырос с 353 до 368 Нм. Изменения в основном касались ходовой части: полноприводная модификация V·Spec получила доработанную систему распределения тяги по осям ATTESA E-TS PRO, активный дифференциал повышенного трения и спортивную подвеску с меньшим дорожным просветом. Обычный V·Spec был на 10 кг тяжелее базового GT-R, но существовала и облегчённая версия V·Spec N1 без АБС, кондиционера, аудиосистемы, заднего стеклоочистителя и коврика в багажнике. Любой Skyline GT-R имел аэродинамический передний бампер с дополнительными воздухозаборниками, расширенные передние колёсные арки и заднее антикрыло с регулируемым углом атаки. В 1995 г. Nissan Skyline GT-R R33 стал первым серийным автомобилем, преодолевшим 8-минутную отметку на Северной петле Нюрбургринга: Дирк Шойсман проехал круг за 7:59.887.

После феноменальных успехов Skyline GT-R R32 в Группе-А руководящий орган автоспорта изменил правила омологации, чтобы компания Nissan не смогла омологировать R33 ни в Группе-А, ни в Группе-С. Тогда японцы решили омологировать модель в классе GT1 гоночной серии BPR. Для этого были построены два гоночных прототипа Skyline GT-R LM с 2.6-литровым двигателем мощностью 405 л.с., 6-ступенчатой секвентальной коробкой передач Xtrac, задним приводом и аэродинамическим обвесом, весом 1150 кг. Они соревновались в 24-х часах Ле-Мана 1995 г. с такими сильными конкурентами, как Ferrari F40 LM и McLaren F1 GTR, но только один экипаж пришёл к финишу, заняв 5-е место в своём классе и 10-е в общем зачёте. В честь этого события в 1996 г. компания выпустила 188 экземпляров ограниченной серии Nissan Skyline GT-R R33 LM Limited, доступной только в цвете Champion Blue с передним сплиттером и задним антикрылом из углеродного волокна.

Ещё более редкая модификация Nissan Skyline GT-R R33 называлась Nismo 400R. Разработанная подразделением Nissan Motorsports International, она оснащалась специально настроенным фирмой REINIK 2.8-литровым битурбированным мотором с коваными поршнями, мощностью 400 л.с., который обеспечивал разгон до 96 км/ч за 4 с и максимальную скорость 300 км/ч. Также автомобиль имел увеличенные тормоза, расширенные бамперы и боковые юбки, увеличенные воздухозаборники и антикрыло из углепластика. Вместо запланированных 100 экземпляров в 1995 г. было построено всего 44 ед. Nismo 400R. Другое подразделение Nissan – Autech – выпустило в 1997-1998 гг. 416 экземпляров 4-дверной модификации Nissan Skyline GT-R 4-door Autech 40th Anniversary, приуроченной к 40-летию оригинального Skyline GT-R.