Второе поколение Audi TT было представлено на Токийском автосалоне 2005 г. как трёхдверный хэтчбэк типа Shooting Brake, но в серию этот кузов не пошёл. Модель немного выросла в размерах и получила увеличенную решётку радиатора, более узкие фары со светодиодами и задний диффузор. Для лучшего распределения веса пространственная рама и панели кузова спереди были сделаны из алюминия, а сзади - из стали. Варианты трансмиссии и привода остались прежними, только автоматическая коробка передач теперь называлась S-Tronic. Передняя подвеска McPherson и задняя многорычажная по заказу комплектовались системой Audi Magnetic Ride с электронным управлением амортизаторами.

В список двигателей входили бензиновые 4-цилиндровые с турбонаддувом 1.8 TFSI (160 л.с.), 2.0 TFSI (200-211 л.с.) с технологией экономии топлива Fuel Stratified Injection и 6-цилинровый 3.2 VR6 (250 л.с.), а также дизельный 2.0 TDI (170 л.с.). Интерьер был отделан алькантарой и алюминием; стандартное оборудование среди прочего включало усилитель руля с сервоприводом, автоматически выдвигающийся на скорости 120 км/ч задний спойлер, бортовой компьютер и климат-контроль, а навигация и аудиосистема Bose входили в список опций. 

В 2008 г. модификация "S" стала доступна и на модели Audi TT. Мощность турбированного 4-цилиндрового двигателя объёмом 1984 см3 была доведена до 272 л.с. Кроме того, в пакет входили радиально вентилируемые дисковые тормоза, опущенная на 10 мм адаптивная подвеска, электронная система курсовой устойчивости (ESP), четыре выхлопные трубы, большие воздухозаборники в переднем бампере, кнопка "Sport", регулирующая реакцию дроссельной заслонки, 18-дюймовые колёса и шины 245/40 ZR18.

Ещё более мощная версия под названием Audi TT RS выпускалась в 2009-2014 гг. На неё устанавливался рядный 5-цилиндровый 20-клапанный силовой агрегат объёмом 2480 см3, оборудованный турбонаддувом и системой Fuel Stratified Injection, который развивал 340 л.с. Максимальная скорость автомобиля была ограничена на уровне 250 км/ч, а разгон до 100 км/ч занимал 4.4 с. К стандартной для Audi TTS комплектации были добавлены увеличенные тормозные диски с 4-поршневыми суппортами, спортивные сиденья Recaro и фиксированный задний спойлер. На этом компания не остановилась: в 2012 г. она представила Audi TT RS Plus, мощность которой составила уже 360 л.с.