Заключительная серия Shelby Mustang была разработана не Кэрроллом Шелби, а компанией Ford, поэтому сегодня она ценится не так высоко, как её предшественники. В 1969 г. Ford Mustang снова увеличился в размерах и стал тяжелее, а модификация Shelby GT500 к тому же получила новый дизайн, предвещавший стиль Мустанга 1971-1973 гг. Спереди появился петлевидный бампер, оградивший по периметру решётку радиатора и фары, а прямоугольные противотуманные огни переместились вниз. Воздухозаборники на задних стойках исчезли, зато появились вентиляционные отверстия в передних и задних крыльях. Боковая полоса поднялась на середину боковин. Сзади отличительной особенностью Shelby GT500 оставались фонари от Thunderbird и встроенный в крышку багажника спойлер.

В 1969 г. Shelby Mustang GT500 оснащался заводским двигателем Cobra Jet V8 428 с системой Ram Air, мощностью 335 л.с. Этот же мотор устанавливался на Ford Mustang Mach 1, который был почти идентичен Shelby GT500 и по характеристикам, и по внутренней отделке. Более дешёвый Shelby Mustang GT350 оснащался 5.8-литровым силовым агрегатом Windsor V8 351 мощностью 290 л.с. Обе модификации предлагались с кузовом фастбэк или кабриолет. Компания Ford больше не нуждалась в сотрудничестве с Шелби, поэтому в дальнейшем она продолжила выпускать высокопроизводительные версии Mustang под своим брендом. Договор между Ford и Shelby American был разорван в 1969 г., но оставшиеся автомобили Shelby продавались и в 1970 г.