История создания суперкара Pagani Zonda неразрывно связана с именем знаменитого аргентинского гонщика Хуана Мануэля Фанхио, пятикратного чемпиона Формулы-1. Фанхио был примером для подражания для другого аргентинца, Горацио Пагани, который решил посвятить свою жизнь разработке спортивных автомобилей и в 1983 г. отправился с этой целью в Италию. Там он устроился на работу в компанию Lamborghini и вскоре возглавил проект Countach Evoluzione - первой машины с композитным шасси. В 1988 г. Пагани был приглашён на званый ужин к Фанхио, где получил от своего кумира согласие на строительство суперкара в его честь. В том же году Пагани создал исследовательский центр Pagani Composite Research и начал долгий путь к воплощению давней мечты. Занимаясь "сложным поиском простых решений", Горацио Пагани потратил 25000 часов на детальную проработку автомобиля от начала и до конца, пытаясь сделать его конструкцию безупречной. Изначально прототип получил название Fangio F1, но после смерти Фанхио в 1995 г. Пагани изменил его на Zonda - так в Аргентине именовали ветер, дующий с восточных склонов Анд.

Хуан Мануэль Фанхио испытывал особое отношение к гоночным автомобилям Mercedes-Benz, на которых он дважды побеждал в Формуле-1. Пагани последовал его совету и договорился с компанией Mercedes-Benz о поставке двигателей. Кроме того, форму кузова Zonda он спроектировал под впечатлением от болидов группы-С Sauber-Mercedes, найдя идеальный баланс между искусством и технологиями. Будучи специалистом по композитным материалам, Пагани изготовил монокок и корпус машины целиком из углепластика, используя алюминий и сталь только в структуре подрамников и гоночной двухрычажной подвески. В результате вес Pagani Zonda составил всего 1300 кг, из которых 54% приходилось на заднюю ось и 46% на переднюю, а жёсткость на скручивание была на порядок выше, чем у других моделей того же класса. Ради экономии веса пришлось отказаться от системы полного привода, но на ведущую заднюю ось был установлен самоблокирующийся дифференциал ASR.

Расположение силового агрегата продольно перед задней осью обеспечило суперкару превосходную управляемость и позволило сместить кабину вперёд. В салоне, похожем на кокпит реактивного истребителя, сиденья были сдвинуты как можно ближе к центральному туннелю, чтобы водитель сидел почти посередине кузова. Внутренняя отделка была выполнена из алюминия, углеволокна и замши. Интерьер получился удобным, но мягкость езды, простота посадки и обзор были принесены в жертву аэродинамике и производительности. Бескомпромиссный характер Pagani Zonda выдавал её функциональный дизайн, в котором многие элементы из углеродного волокна оставались неокрашенными. Визитными карточками модели стали её заострённый нос, небольшие сдвоенные передние фары и четыре выхлопные трубы, объединённые в круг по центру хвостовой части. Горацио Пагани удалось сделать то, что он называет "Una Macchina con Anima" - "машину с душой".

Pagani Zonda была впервые представлена на Женевском автосалоне 1999 г. Исходная модель - C12 - оснащалась 6-литровым двигателем V12 DOHC мощностью 394 л.с., позаимствованным у седана Mercedes-Benz S600, в паре с 5-ступенчатой механической коробкой передач. С этим мотором автомобиль разгонялся до 100 км/ч за 4.2 с. Построив всего пять таких купе, в 2000 г. Горацио Пагани разработал следующую модификацию Pagani Zonda C12 S с 7-литровым двигателем V12, доработанным фирмой AMG, мощностью 550 л.с. Суперкар получил и некоторые улучшения в плане аэродинамики, в частности разделённый на две части задний спойлер с закрылками. На этот раз ограничившись 15-ю экземплярами, в 2002 г. компания пошла дальше, выпустив модель Pagani Zonda C12 S 7.3 стоимостью $500000. Как следовало из названия, мотор V12 от AMG был увеличен до 7291 см3 и теперь развивал 555 л.с. В комплектацию вошли вентилируемые перфорированные дисковые тормоза с 4-поршневыми суппортами Brembo, диаметром 355 мм спереди и 335 мм сзади, система ABS, трэкшн-контроль, регулируемые амортизаторы Ohlins, 18-дюймовые алюминиевые колёса и шины Michelin Pilot Sport 255/40 R18 спереди и 345/35 R18 сзади. В 2002 г. автомобиль стал доступен и с кузовом родстер.

В конструкции Pagani Zonda был заложен большой потенциал для дальнейшего развития. В 2005 г. на Женевском автосалоне дебютировала Pagani Zonda F, заменившая предыдущую модификацию C12 S 7.3. Названная в честь Хуана Мануэля Фанхио, она получила усовершенствованный 7.3-литровый двигатель AMG V12 с увеличенными впускными и выпускными коллекторами и доработанной системой впрыска, мощностью 602 л.с., а также новые карбон-керамические тормоза Brembo, 20-дюймовые колёса с шинами 335/30 сзади и 19-дюймовые с шинами 255/35 спереди. Спойлер стал сплошным, спереди появились противотуманные фары, а зеркала заднего вида переместились со стоек лобового стекла на передние крылья. В 2006 г. в продажу поступил и родстер, оснащённый съёмной жёсткой крышей из углеродного волокна. Несмотря на усиление монокока, его вес почти не изменился в сравнении с купе. В специальной версии Clubsport с форсированным до 650 л.с. двигателем Pagani Zonda F в 2007 г. установила рекордную скорость прохождения петли Нордшляйфе - 7:24. Она же опередила Bugatti Veyron на испытательном треке Top Gear.

Pagani Zonda R представляла собой трековую версию Pagani Zonda Cinque, запрещённую для эксплуатации на дорогах общего пользования. Она имела полностью оригинальное шасси с некоторыми узлами, впоследствии применёнными в модели Pagani Huayra. Монокок был изготовлен из углеродно-титанового композита, подрамники и подвеска - из хром-молибденового сплава авионал, кузовные панели - из углеволокна MD System. Кузов с удлинённой на 47 мм колёсной базой получил новые свесы и ряд улучшений аэродинамики, в том числе плоское днище и огромное антикрыло Ennegi с регулируемым углом наклона, обеспечивающее прижимную силу в 1300 кг. Чтобы ускорить процесс дозаправки и замены шин, автомобиль был оснащён быстросъёмной крышкой бензобака, встроенными пневматическими домкратами и дисками из кованого магния с центральной гайкой. 6-литровый двигатель V12 мощностью 750 л.с., такой же, как у суперкара Mercedes-Benz CLK GTR, соединялся с многодисковым сцеплением и композитной выхлопной системой с керамическим покрытием. 6-ступенчатая секвентальная трансмиссия XTrac 672 с картером из магниевого сплава переключала передачи за 150 мс при помощи подрулевых лепестков. Спартанский салон был оснащён трубчатым каркасом безопасности, огнетушителем, гоночным рулём с кнопками управления и тахометром и системой датчиков Digitek, показывающих величину и направление сил, действующих на каждое колесо.

В 2009-2010 гг. на фабрике Pagani было построено 15 экземпляров Zonda R, один из которых показал рекордное время круга на Нюрбургринге - 6:47. Но Горацио Пагани не остановился и на этом: в 2013 г. он представил своим избранным клиентам окончательную модификацию суперкара - Pagani Zonda Revolucion. На ней мощность 6-литрового мотора была доведена до 800 л.с., а время переключения передач - до 20 мс. Кроме того, автомобиль получил 12-канальную систему трекшн-контроля Bosch Motorsport, способную адаптироваться к индивидуальному стилю вождения, новые тормоза Brembo CCMR, вертикальный хвостовой стабилизатор и систему DRS (Drag Reduction System), позволяющую управлять закрылками вручную или в автоматическом режиме. Каждый из 5 экземпляров Pagani Zonda Revolucion был продан за €2,2 млн.

Pagani Zonda Cinque задумывалась как последняя, ультимативная модификация Zonda. Она была выпущена ограниченной серией из пяти купе ($1,3 млн) и пяти родстеров ($2 млн). Все они окрашивались в белый цвет с панелями из открытого углепластика и красной полосой по центру. Монокок автомобиля изготавливался из запатентованного фирмой Modena Design композитного материала карботаниума - углепластика, армированного волокнами титана. Подвеска и колёсные диски делались из магния и титана, выхлопная система - из жаропрочного никелевого сплава инконеля и титана. Мощность 7.3-литрового двигателя V12 была увеличена до 678 л.с., а вместо 6-ступенчатой механической коробки передач автомобиль получил 6-ступенчатую секвентальную от Cima, переключавшую скорости менее чем за 100 миллисекунд. Другие изменения затронули передний сплиттер, боковые юбки и задний диффузор. На крыше появился дополнительный ковш-воздухозаборник. 

В 2010 г. на Женевском автосалоне была показана эксклюзивная Pagani Zonda Tricolore, разработанная на базе модификации Cinque. Её посвятили 50-летию итальянской команды по высшему пилотажу Frecce Tricolori. Автомобиль отличался уникальной окраской с полосками итальянского триколора и хвостовым стабилизатором от самолёта Aermacchi MB-339 PAN. Всего было построено три экземпляра Zonda Tricolore по цене €1.3 млн. каждый.

Горацио Пагани стремился максимально индивидуализировать каждый автомобиль Pagani Zonda, чтобы он соответствовал личным предпочтениям клиента. Кроме стандартных мелкосерийных модификаций, существовало множество эксклюзивных машин, сделанных по специальному заказу: PS, HH, 750, Rak, 760LH, Absolute, 760RS, 764 Passione, 760 Fantasma и др. Кроме того, в 2002 г. Том Вайкард, Тони Хаземанс и Пол Кумпен создали гоночную команду Carsport Zonda и переделали несколько единиц Zonda S в облегчённую гоночную версию Zonda GR мощностью 590 л.с. Автомобиль получил омологацию в FIA и ACO и в 2003 г. выступил в 24-х часах Ле-Мана, но сошёл с трассы из-за проблем с трансмиссией.

С 1999 по 2011 гг. компания Pagani Automobili выпустила 206 экземпляров Pagani Zonda всех модификаций. Производство должно было прекратиться с появлением в 2012 г. модели Huayra, но единичные экземпляры Zonda продолжали поставляться по индивидуальным заказам до 2017 г. Финальной модификацией стала Zonda HP Barchetta, представленная в 2017 г. на конкурсе элегантности в Пеббл-Бич. Она получила 7.3-литровый атмосферный двигатель V12 мощностью 800 л.с., подвеску и сиденья от Huayra BC, укороченное лобовое стекло, большое антикрыло и юбки на задних колёсах, как у гоночных прототипов Группы-С. Один из трёх экземпляров Zonda HP Barchetta был подарен Горацио Пагани на 60-летие, другие два поступили в продажу по цене $15 млн. за штуку.